{
"cells": [
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {
"toc": true
},
"source": [
"Table of Contents
\n",
""
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"In this post I describe my strategy for managing source code projects and dependencies with python, [Conda](http://conda.pydata.org), [Pip](https://pip.pypa.io/en/stable/), etc. I also show how to to maintain your own \"PyPI\" for source code packages.\n",
"\n",
"\n",
"\n",
"As a general strategy, I am now trying to host everything on [Anaconda Cloud](https://anaconda.org/) so that all my packages and environments can be installed with Conda."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Overview"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Within the Python community, the [Python Packaging Authority (PyPA)](https://pypa.io) provides the recommendations of the current working group, and we try to follow their guidelines as laid out in the [Python Packaging User Guide](https://packaging.python.org). \n",
"\n",
"My general strategy is to maintain [Conda] environments for each project and each main application, and to rely on these to ensure my projects work and can be easily distributed. In addition, I maintain a common [`work` environment](https://anaconda.org/mforbes/work) that has everything and the kitchen sink which I can \"just use\" to get work done. This is hosted on [Anaconda Cloud](https://anaconda.org/mforbes/work) so you can install it and use it with:\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda install anaconda-client\n",
"conda env create mforbes/work # Don't run in a directory with an environment.yml file\n",
"conda activate work\n",
"```\n",
"\n",
"*Note: do not run this in a folder with an `environment.yml` file. See [Issue #549](https://github.com/Anaconda-Platform/anaconda-client/issues/549).*\n",
"\n",
"\n",
"This notebook describes some details about this strategy which consists of the following concepts:\n",
"\n",
"* [**Jupyter**](#Jupyter): This section discusses the `jupyter` environment where I install [Jupyter](https://jupyter.org) and related tools.\n",
" * I use a script to launch the Jupyter notebook server and/or [Jupyter Lab](https://jupyterlab.readthedocs.io/en/stable/) so that this environment is first activated.\n",
" * I use the [`nb_conda`](https://github.com/Anaconda-Platform/nb_conda) extension so that one can access the conda environments from Jupyter. (This requires ensuring that the [`ipykernel`](https://github.com/ipython/ipykernel) package is installed in each environment so that they can be found.)\n",
" * I use the [Jupytext](https://github.com/mwouts/jupytext) extension so that you can store notebooks as python files for better version control. This requires a small manual change in your notebooks to enable.\n",
"* [**Conda Environments**](#Environments): I try to package everything into Conda environments. There are several use-cases here:\n",
" * Global environments such as `work2` and `work3` which have everything including the kitchen sink for python 2 and python 3 respectively. When I just need to get something done, I activate these and work. Don't rely on these for testing though: instead use minimal and dedicated environments for your code.\n",
" * Dedicated and minimal project environments should be used for each project that contain the minimal number of packages required. Your tests should be run in these environments (plus any testing tools) so that you can be sure no undocumented dependencies creep in when you add new features. I usually keep two copies: \n",
" * `environment.yml`: This contains the packages I need (leaves), usually without version specifications unless there is a known conflict. It can be kept clean as descibed in the section [Visualizing Dependencies](#Conda). To create or update the environment:\n",
" \n",
" ```bash\n",
" conda env update -f environment.yml\n",
" ```\n",
" * `environment.frozen.yml`: This contains the explicit versions I am testing against to ensure reproducible computations. It can be formed by:\n",
" \n",
" ```bash\n",
" conda activate \n",
" conda env export > environment.frozen.yml\n",
" ```\n",
" \n",
"* [**Anaconda Cloud**](#Anaconda-Cloud): I try to use my [`mforbes`](https://anaconda.org/mforbes) channel on [Anaconda Cloud](https://anaconda.org) to host useful environments and packages. Ideally, all packages should be installable with only Conda. Some information about how to build and maintain Conda packages and environments is discussed in section [Building a Conda Package](#Building-a-Conda-Package).\n",
"\n",
"[Conda]: http://conda.pydata.org/"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# TL;DR"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Conda\n",
"\n",
"* Use [conda](http://conda.pydata.org) to manage environments. (Conda can be slow: for faster installs you can try [mamba](https://github.com/QuantStack/mamba), but it is still experimental.)\n",
"* For each project, create an environment which will contain all the packages like NumPy, SciPy etc. needed for that project. (Also specify python 2 or python 3). Store these requirements in a project-specific [`environment.yml` file](https://conda.io/docs/user-guide/tasks/manage-environments.html#create-env-file-manually).\n",
"* Create an environment for that project that includes the `ipykernel` package:\n",
"\n",
" ```bash\n",
" conda env create --file environment.yml\n",
" ```\n",
" \n",
" (This assumes that `environment.yml` specifies the name of the environment, otherwise you need to pass conda the `-n ` flag).\n",
"* Install Jupyter (see [instructions below](#Jupyter)) in its own environment and include the `nb_conda` package. By including the `ipykernel` package in each environment and the `nb_conda` package in the `jupyter` environment, Jupyter will be able to find your environments and use them as kernels.\n",
"* Launch Jupyter with a custom kernel for your project using the following function which will activate the `jupyter` environment first:"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"```bash\n",
"# ~/.bashrc or similar\n",
"\n",
"function j { \n",
" if [ -f './jupyter_notebook_config.py' ]; then\n",
" CONFIG_FLAG=\"--config=./jupyter_notebook_config.py\";\n",
" else\n",
" if [ -f \"$(hg root)/jupyter_notebook_config.py\" ]; then\n",
" CONFIG_FLAG=\"--config=$(hg root)/jupyter_notebook_config.py\";\n",
" else\n",
" CONFIG_FLAG=\"\";\n",
" fi;\n",
" fi;\n",
" echo \"conda activate jupyter\";\n",
" conda activate jupyter;\n",
" echo \"jupyter notebook ${CONFIG_FLAG} $*\";\n",
" jupyter notebook \"${CONFIG_FLAG}\" \"$*\";\n",
" conda deactivate\n",
"}\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
" \n",
" \n",
"## Pip\n",
"\n",
"The following recommendations are based on using pip to manage dependencies. We are in the process of migrating to a more conda-centric version.\n",
"\n",
"* Provide a `setup.py` file for your source repositories that contains all of the dependency information in the `install_requires` argument to `setup()`.\n",
"* Structure your repository with tags and/or named branches so that you can `hg update 0.9` etc. to update to the various versions.\n",
"* Host an `index.html` file somewhere that points to the Download links of the various projects.\n",
"* Use `pip install --extra-index-url ` to allow pip to resolve dependencies against your source code."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Conda"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Conda and Anaconda provide quite complete python distributions for scientific computing. Unless I am specifically developing packages for general us, I allow myself to rely on the default Anaconda distribution. This includes the Conda package manager, which provides an alternative to [virtualenv](https://virtualenv.pypa.io/en/latest/) for managing environments.\n",
"\n",
"There is a nice discussion of the state of conda here:\n",
"\n",
"* http://penandpants.com/2014/10/09/state-of-conda-oct-2014/\n",
"* [Conda documentation](http://conda.pydata.org/docs)\n",
"\n",
"Conda has a few important benefits:\n",
"\n",
"* Many binary packages are supported, including some that are not python (and hence cannot be managed by pip).\n",
"* Conda including builds of NumPy, SciPy, and Matplotlib that can be difficult to install from source.\n",
"* Conda keeps track of your history (try ``conda list --revisions``) which can help if you need to reproduce some history.\n",
"* For educational use (or paid commercial use), one can install the [Accelerate](https://store.continuum.io/cshop/accelerate/) package.\n",
"* Conda is aware of packages installed with ``pip`` so these can still be used.\n",
"* Conda provides environments, replacing the need for ``virtualenv``."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Cheatsheet"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Working with packages:\n",
"\n",
"* `conda update --all`: Update all packages in an environment.\n",
"* `conda clean --all`: Remove all downloaded packages and unused files. Can free significant amounts of disk space.\n",
"\n",
"Working with environments:\n",
"\n",
"* `conda activate `/`conda deactivate`: Activate or deactivate an environment.\n",
"* `conda env list`: Show installed environments (and their location).\n",
"* `conda env update [ -n name ] ( -f environment.yml | channel/spec ) [ --prune ]`: Update packages in an environment from a file or anaconda channel, optionally removing unnecessary files (but see [this issue](https://github.com/conda/conda/issues/7279).)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Package Availablity"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"One issue when dealing with conda is that not all packages are available. There several ways to deal with this:\n",
"\n",
"1. Search for the package on another channel. The following channels seem to be reliable:\n",
" \n",
" * [conda-forge](https://conda-forge.github.io): This is a community driven project that provides an infrastructure for building and maintaining packages cleanly on Windows, Linux, and OS X. It is described in the post - [Community powered conda packaging: conda-forge](https://www.continuum.io/blog/developer-blog/community-conda-forge).\n",
" * [pipy](pypi)\n",
" To add a new channel:\n",
" \n",
" ```\n",
" conda config --append channels conda-forge\n",
" ```\n",
" \n",
" Then you can look with \n",
" \n",
" ```\n",
"$ conda config --show\n",
"add_anaconda_token: True\n",
"add_pip_as_python_dependency: True\n",
"allow_softlinks: True\n",
"always_copy: False\n",
"always_yes: False\n",
"auto_update_conda: True\n",
"binstar_upload: None\n",
"changeps1: True\n",
"channel_alias: https://conda.anaconda.org/\n",
"channel_priority: True\n",
"channels:\n",
" - defaults\n",
" - conda-forge\n",
"client_cert: \n",
"client_cert_key: \n",
"create_default_packages: []\n",
"debug: False\n",
"default_channels:\n",
" - https://repo.continuum.io/pkgs/free\n",
" - https://repo.continuum.io/pkgs/pro\n",
"disallow: []\n",
"json: False\n",
"offline: False\n",
"proxy_servers: {}\n",
"quiet: False\n",
"shortcuts: True\n",
"show_channel_urls: True\n",
"ssl_verify: True\n",
"track_features: []\n",
"update_dependencies: True\n",
"use_pip: True\n",
"verbosity: 0\n",
"\n",
" ```\n",
" \n",
"2. Build your own conda package and upload it to [Anaconda Cloud](https://anaconda.org). It seems that contributing to [conda-forge] is the preferred way to do this but I have not yet tried.\n",
"3. Use `pip`. The disadvantage here is that packages are then managed by both `conda` and `pip` which can lead to some confusion, but this does work reasonably well and is how I used to do things for many years. The advantage is that you can specify your dependences simply with the standard `setup.py` file. I am not sure how to do this with `conda` yet.\n",
"\n",
"[conda-forge]: https://conda-forge.github.io"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Getting Started"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"My strategy is to install a minimal conda installation with python 2.0 and then add various environments as needed. Each project should have its own conda environment so that one can reproducibly manage the dependencies of that project. This ties together as follows:\n",
"\n",
"* The conda `base` environment and some custom environments (`jupyter` might be a good candidate) can be maintained at a system level by an admin. On my computers, these reside in:\n",
"\n",
" ```\n",
" /data/apps/conda/ # System (mini)conda directory\n",
" |-- envs/ # System-defined environments \n",
" | |-- jupyter/ # Jupyter notebooks etc. with nb_conda extension\n",
" | `-- ...\n",
" |-- bin/ # Executables for `base` environment\n",
" `-- ...\n",
" ```\n",
" \n",
"* The `jupyter` environment contains the [`nb_conda`](https://github.com/Anaconda-Platform/nb_conda) extension which allows one to choose kernels based on known conda environments. With this, you can run jupyter from the `jupyter` environment and use a specialize kernel for whatever computation you need. (For example, `jupyter` should be run with Python 3, but you may have kernels that are still Python 2. This approach means you do not need to include jupyter in you project environment.)\n",
"\n",
"* On a system where users cannot write to `/data/apps/conda`, environments created by the user will be automatically placed in:\n",
"\n",
" ```\n",
" ~/.conda/envs/\n",
" ```\n",
"\n",
" Thus, users can immediately create their own environments as needed.\n",
"\n",
"* If a user needs to create an environment in `~/.conda/envs/` that shadows an environment in `/data/apps/conda/envs`, then it seems this can be done by first making the appropriate directory, then using conda to install whatever is needed:\n",
"\n",
" ```bash\n",
" $ conda create -n jupyter\n",
" \n",
" CondaValueError: prefix already exists: /data/apps/conda/envs/jupyter\n",
" \n",
" $ mkdir -p ~/.conda/envs/jupyter\n",
" $ conda install -n jupyter ...\n",
" ```\n",
" \n",
" This is probably a bit of a hack, but seems to work."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Miniconda"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I first install [Miniconda](http://conda.pydata.org/miniconda.html) with Python 2.7.\n",
"\n",
"* I choose to use python 2.7 here because it allows me to install [Mercurial]() which will [likely not support Python 3 for some time](http://mercurial.selenic.com/wiki/SupportedPythonVersions#Python_3.x_support).\n",
"* I add the miniconda ``bin`` directory to the end of my path so that the ``hg`` command will fall through if I have activated a python 3 environment.\n",
"* Other than mercurial and related tools, I keep the default environment clean."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Update Conda"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"After installing miniconda, I do an update:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 2,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Unsetting IPYTHONDIR\n",
"Unsetting TALENT2015DIR\n",
"Fetching package metadata .............\n",
"Solving package specifications: .\n",
"\n",
"# All requested packages already installed.\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"conda 4.3.7 py27_0 defaults\n",
"Fetching package metadata .............\n",
"Solving package specifications: .\n",
"\n",
"# All requested packages already installed.\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"cffi 1.9.1 py27_0 defaults\n",
"conda 4.3.7 py27_0 defaults\n",
"conda-env 2.6.0 0 defaults\n",
"cryptography 1.7.1 py27_0 defaults\n",
"enum34 1.1.6 py27_0 defaults\n",
"idna 2.2 py27_0 defaults\n",
"ipaddress 1.0.18 py27_0 defaults\n",
"openssl 1.0.2j 0 defaults\n",
"pip 9.0.1 py27_1 defaults\n",
"pyasn1 0.1.9 py27_0 defaults\n",
"pycosat 0.6.1 py27_1 defaults\n",
"pycparser 2.17 py27_0 defaults\n",
"pycrypto 2.6.1 py27_4 defaults\n",
"pyopenssl 16.2.0 py27_0 defaults\n",
"python 2.7.13 0 defaults\n",
"readline 6.2 2 defaults\n",
"requests 2.12.4 py27_0 defaults\n",
"ruamel_yaml 0.11.14 py27_1 defaults\n",
"setuptools 27.2.0 py27_0 defaults\n",
"six 1.10.0 py27_0 defaults\n",
"sqlite 3.13.0 0 defaults\n",
"tk 8.5.18 0 defaults\n",
"wheel 0.29.0 py27_0 defaults\n",
"yaml 0.1.6 0 defaults\n",
"zlib 1.2.8 3 defaults\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null # Deactivate any environments\n",
"#conda install -y --revision=0 # Revert to original revision. This is failing! Removing conda\n",
"conda update -y conda # Update conda \n",
"conda update -y --all # Update all other packages\n",
"conda list"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"```\n",
"anaconda-client 1.6.0 py27_0 defaults\n",
"argcomplete 1.0.0 py27_1 defaults\n",
"beautifulsoup4 4.5.3 py27_0 defaults\n",
"cffi 1.9.1 py27_0 defaults\n",
"chardet 2.3.0 py27_0 defaults\n",
"clyent 1.2.2 py27_0 defaults\n",
"conda 4.3.6 py27_0 defaults\n",
"conda-build 2.1.1 py27_0 defaults\n",
"conda-env 2.6.0 0 defaults\n",
"conda-verify 2.0.0 py27_0 defaults\n",
"contextlib2 0.5.4 py27_0 defaults\n",
"cryptography 1.7.1 py27_0 defaults\n",
"dulwich 0.16.3 \n",
"enum34 1.1.6 py27_0 defaults\n",
"filelock 2.0.7 py27_0 defaults\n",
"futures 3.0.5 py27_0 defaults\n",
"hg-git 0.8.5 \n",
"idna 2.2 py27_0 defaults\n",
"ipaddress 1.0.18 py27_0 defaults\n",
"jinja2 2.9.4 py27_0 defaults\n",
"markupsafe 0.23 py27_2 defaults\n",
"mercurial 3.9.2 py27_0 defaults\n",
"openssl 1.0.2j 0 defaults\n",
"pip 9.0.1 py27_1 defaults\n",
"pkginfo 1.4.1 py27_0 defaults\n",
"pyasn1 0.1.9 py27_0 defaults\n",
"pycosat 0.6.1 py27_1 defaults\n",
"pycparser 2.17 py27_0 defaults\n",
"pycrypto 2.6.1 py27_4 defaults\n",
"pyopenssl 16.2.0 py27_0 defaults\n",
"python 2.7.13 0 defaults\n",
"python-dateutil 2.6.0 py27_0 defaults\n",
"python-hglib 2.2 \n",
"pytz 2016.10 py27_0 defaults\n",
"pyyaml 3.12 py27_0 defaults\n",
"readline 6.2 2 defaults\n",
"requests 2.12.4 py27_0 defaults\n",
"ruamel_yaml 0.11.14 py27_1 defaults\n",
"setuptools 27.2.0 py27_0 defaults\n",
"six 1.10.0 py27_0 defaults\n",
"sqlite 3.13.0 0 defaults\n",
"tk 8.5.18 0 defaults\n",
"wheel 0.29.0 py27_0 defaults\n",
"yaml 0.1.6 0 defaults\n",
"zlib 1.2.8 3 defaults\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Historical note: When I originally wrote this article, I obtained the following outputs at various times:\n",
"\n",
"```\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"cffi 1.9.1 py27_0 defaults\n",
"conda 4.3.7 py27_0 defaults\n",
"conda-env 2.6.0 0 defaults\n",
"cryptography 1.7.1 py27_0 defaults\n",
"enum34 1.1.6 py27_0 defaults\n",
"idna 2.2 py27_0 defaults\n",
"ipaddress 1.0.18 py27_0 defaults\n",
"openssl 1.0.2j 0 defaults\n",
"pip 9.0.1 py27_1 defaults\n",
"pyasn1 0.1.9 py27_0 defaults\n",
"pycosat 0.6.1 py27_1 defaults\n",
"pycparser 2.17 py27_0 defaults\n",
"pycrypto 2.6.1 py27_4 defaults\n",
"pyopenssl 16.2.0 py27_0 defaults\n",
"python 2.7.13 0 defaults\n",
"readline 6.2 2 defaults\n",
"requests 2.12.4 py27_0 defaults\n",
"ruamel_yaml 0.11.14 py27_1 defaults\n",
"setuptools 27.2.0 py27_0 defaults\n",
"six 1.10.0 py27_0 defaults\n",
"sqlite 3.13.0 0 defaults\n",
"tk 8.5.18 0 defaults\n",
"wheel 0.29.0 py27_0 defaults\n",
"yaml 0.1.6 0 defaults\n",
"zlib 1.2.8 3 defaults\n",
"```\n",
"```\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"conda 4.2.7 py27_0 defaults\n",
"conda-env 2.6.0 0 defaults\n",
"enum34 1.1.6 py27_0 defaults\n",
"openssl 1.0.2i 0 defaults\n",
"pip 8.1.2 py27_0 defaults\n",
"pycosat 0.6.1 py27_1 defaults\n",
"python 2.7.12 1 defaults\n",
"pyyaml 3.12 py27_0 defaults\n",
"readline 6.2 2 defaults\n",
"requests 2.11.1 py27_0 defaults\n",
"ruamel_yaml 0.11.14 py27_0 defaults\n",
"setuptools 27.2.0 py27_0 defaults\n",
"sqlite 3.13.0 0 defaults\n",
"tk 8.5.18 0 defaults\n",
"wheel 0.29.0 py27_0 defaults\n",
"yaml 0.1.6 0 defaults\n",
"zlib 1.2.8 3 defaults\n",
"```\n",
"\n",
"```\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"conda 3.12.0 py27_0 \n",
"conda-env 2.1.4 py27_0 \n",
"openssl 1.0.1k 1 \n",
"pip 6.1.1 py27_0 \n",
"pycosat 0.6.1 py27_0 \n",
"python 2.7.9 1 \n",
"pyyaml 3.11 py27_0 \n",
"readline 6.2 2 \n",
"requests 2.7.0 py27_0 \n",
"setuptools 15.2 py27_0 \n",
"sqlite 3.8.4.1 1 \n",
"tk 8.5.18 0 \n",
"yaml 0.1.4 1 \n",
"zlib 1.2.8 0 \n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"One interesting feature shown here is that conda keeps track of your revisions. You can update the revisions with ``conda install --revision=0`` (the original miniconda installation for example) and you can list them with:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 2,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"/data/apps/anaconda/bin:/Users/mforbes/work/configurations/scripts:/data/apps/node/bin/:/Applications/git-annex.app/Contents/MacOS:/usr/local/cuda/bin:/Users/mforbes/usr/local/bin/:/usr/local/bin/:/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/X11R6/bin:/Users/mforbes/usr/local/bin/scripts:/Users/mforbes/usr/local/x86_64/bin:/Users/mforbes/usr/local/bin:/usr/local/bin:/opt/X11/bin:/usr/local/MacGPG2/bin:/usr/texbin:/opt/local/bin/:/Users/mforbes/bin/FDK/Tools/osx:/data/apps/anaconda/bin/./\n",
"2015-05-13 23:16:42 (rev 0)\n",
" +conda-3.12.0\n",
" +conda-env-2.1.4\n",
" +openssl-1.0.1k\n",
" +pycosat-0.6.1\n",
" +python-2.7.9\n",
" +pyyaml-3.11\n",
" +requests-2.7.0\n",
"\n",
"2015-05-13 23:27:27 (rev 1)\n",
" +pip-6.1.1\n",
" +readline-6.2\n",
" +setuptools-15.2\n",
" +sqlite-3.8.4.1\n",
" +tk-8.5.18\n",
" +yaml-0.1.4\n",
" +zlib-1.2.8\n",
"\n",
"2015-05-13 23:27:27 (rev 2)\n",
" -pip-6.1.1\n",
" -readline-6.2\n",
" -setuptools-15.2\n",
" -sqlite-3.8.4.1\n",
" -tk-8.5.18\n",
" -yaml-0.1.4\n",
" -zlib-1.2.8\n",
"\n",
"2015-05-13 23:27:31 (rev 3)\n",
" +pip-6.1.1\n",
" +readline-6.2\n",
" +setuptools-15.2\n",
" +sqlite-3.8.4.1\n",
" +tk-8.5.18\n",
" +yaml-0.1.4\n",
" +zlib-1.2.8\n",
"\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"echo $PATH\n",
"conda list --revisions"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Command Completion"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Before doing any more work, add command completion so that you can explore options:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 2,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Unsetting IPYTHONDIR\n",
"Unsetting TALENT2015DIR\n",
"Fetching package metadata .......\n",
"Solving package specifications: ..........\n",
"\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda:\n",
"\n",
"The following packages will be downloaded:\n",
"\n",
" package | build\n",
" ---------------------------|-----------------\n",
" argcomplete-1.0.0 | py27_1 32 KB defaults\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" argcomplete: 1.0.0-py27_1 defaults\n",
"\n",
"Fetching packages ...\n",
"argcomplete-1. 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s\r",
"argcomplete-1. 50% |############### | ETA: 0:00:00 212.30 kB/s\r",
"argcomplete-1. 100% |###############################| ETA: 0:00:00 407.59 kB/s\r",
"argcomplete-1. 100% |###############################| Time: 0:00:00 405.57 kB/s\r\n",
"Extracting packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[argcomplete ]| | 0%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[argcomplete ]| | 0%\r",
"[argcomplete ]| | 0%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"conda install -y argcomplete\n",
"eval \"$(register-python-argcomplete conda)\""
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Configure Conda"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Conda allows you to configure it with the `conda config` command. Here I add the [conda-forge](https://conda-forge.github.io) channel."
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 4,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Unsetting IPYTHONDIR\n",
"Unsetting TALENT2015DIR\n"
]
},
{
"name": "stderr",
"output_type": "stream",
"text": [
"Warning: 'conda-forge' already in 'channels' list, moving to the bottom\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"conda config --append channels conda-forge"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 5,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Unsetting IPYTHONDIR\n",
"Unsetting TALENT2015DIR\n",
"add_anaconda_token: True\n",
"add_pip_as_python_dependency: True\n",
"allow_softlinks: True\n",
"always_copy: False\n",
"always_softlink: False\n",
"always_yes: False\n",
"auto_update_conda: True\n",
"binstar_upload: None\n",
"changeps1: True\n",
"channel_alias: https://conda.anaconda.org\n",
"channel_priority: True\n",
"channels:\n",
" - defaults\n",
" - pypi\n",
" - conda-forge\n",
"client_ssl_cert: \n",
"client_ssl_cert_key: \n",
"create_default_packages: []\n",
"debug: False\n",
"default_channels:\n",
" - https://repo.continuum.io/pkgs/free\n",
" - https://repo.continuum.io/pkgs/r\n",
" - https://repo.continuum.io/pkgs/pro\n",
"disallow: []\n",
"envs_dirs:\n",
" - /data/apps/anaconda/envs\n",
"json: False\n",
"offline: False\n",
"proxy_servers: {}\n",
"quiet: False\n",
"shortcuts: True\n",
"show_channel_urls: True\n",
"ssl_verify: True\n",
"track_features: []\n",
"update_dependencies: True\n",
"use_pip: True\n",
"verbosity: 0\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"conda config --show"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Environments"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"To ensure reproducible computing, I highly recommend working from a clean environment for your projects so that you can enter a clean environment with\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda activate _conda_env\n",
"```\n",
"\n",
"To do this, maintain an `environment.yml` file such as this:\n",
"\n",
"```yaml\n",
"# environment.yml\n",
"name: _conda_env\n",
"channels:\n",
" - defaults\n",
" - conda-forge\n",
" - ioam\n",
"dependencies:\n",
" - ipykernel # Use with nb_conda_kernels so jupyter sees this kernel\n",
" - numpy\n",
" - scipy>=0.17.1\n",
" - matplotlib>=1.5\n",
" - uncertainties\n",
" - ipywidgets\n",
" - holoviews\n",
" - pip:\n",
" - mmf_setup>=0.1.11\n",
"``` \n",
"\n",
"Then create a new environment as follows:\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda env create -p _conda_env -f environment.yml\n",
"```\n",
"\n",
"Periodically you should check if anything is outdated:\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda search -p _conda_env --outdated\n",
"```\n",
"\n",
"and possibly update everything\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda update -p _conda_env --all\n",
"```\n",
"\n",
"If you then make a `_conda_env` environment in the project and choose this as the kernel for your notebooks, you can then run in an isolated environment. *Don't forget to exclude `_cond_env` from selective sync with Dropbox etc. as it can get big! For this reason, it can be better to install this globally.*"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### Frozen Envrionments"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I manually create environment files like the one above which specify the leave nodes I need. To prune these, see the section [Visualizing Dependencies:Conda](#Conda)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I keep a few clean environments for use when testing."
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 5,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2.6:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py26_0\n",
" python: 2.6.9-1 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py26_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|############# | 12%\r",
"[sqlite ]|########################## | 25%\r",
"[tk ]|######################################## | 37%\r",
"[zlib ]|##################################################### | 50%\r",
"[python ]|################################################################## | 62%\r",
"[setuptools ]|################################################################################ | 75%\r",
"[pip ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py2.6\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2.7:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py27_0\n",
" python: 2.7.9-1 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py27_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|############# | 12%\r",
"[sqlite ]|########################## | 25%\r",
"[tk ]|######################################## | 37%\r",
"[zlib ]|##################################################### | 50%\r",
"[python ]|################################################################## | 62%\r",
"[setuptools ]|################################################################################ | 75%\r",
"[pip ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py2.7\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py3.3:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py33_0\n",
" python: 3.3.5-3 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py33_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" xz: 5.0.5-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|########### | 11%\r",
"[sqlite ]|####################### | 22%\r",
"[tk ]|################################### | 33%\r",
"[xz ]|############################################### | 44%\r",
"[zlib ]|########################################################### | 55%\r",
"[python ]|####################################################################### | 66%\r",
"[setuptools ]|################################################################################### | 77%\r",
"[pip ]|############################################################################################### | 88%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py3.3\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py3.4:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py34_0\n",
" python: 3.4.3-0 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py34_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" xz: 5.0.5-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|########### | 11%\r",
"[sqlite ]|####################### | 22%\r",
"[tk ]|################################### | 33%\r",
"[xz ]|############################################### | 44%\r",
"[zlib ]|########################################################### | 55%\r",
"[python ]|####################################################################### | 66%\r",
"[setuptools ]|################################################################################### | 77%\r",
"[pip ]|############################################################################################### | 88%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py3.4\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2.6a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" abstract-rendering: 0.5.1-np19py26_0 \n",
" anaconda: 2.2.0-np19py26_0 \n",
" appscript: 1.0.1-py26_0 \n",
" argcomplete: 0.8.4-py26_0 \n",
" argparse: 1.3.0-py26_0 \n",
" astropy: 1.0.1-np19py26_0 \n",
" bcolz: 0.8.1-np19py26_0 \n",
" beautiful-soup: 4.3.2-py26_0 \n",
" bitarray: 0.8.1-py26_0 \n",
" blaze-core: 0.7.3-np19py26_0 \n",
" blz: 0.6.2-np19py26_0 \n",
" boto: 2.36.0-py26_0 \n",
" cdecimal: 2.3-py26_0 \n",
" certifi: 14.05.14-py26_0 \n",
" cffi: 0.9.2-py26_0 \n",
" colorama: 0.3.3-py26_0 \n",
" configobj: 5.0.6-py26_0 \n",
" cryptography: 0.8-py26_0 \n",
" curl: 7.38.0-0 \n",
" cython: 0.22-py26_0 \n",
" cytoolz: 0.7.2-py26_0 \n",
" datashape: 0.4.4-np19py26_1 \n",
" decorator: 3.4.0-py26_0 \n",
" docutils: 0.12-py26_0 \n",
" dynd-python: 0.6.5-np19py26_0 \n",
" enum34: 1.0.4-py26_0 \n",
" fastcache: 1.0.2-py26_0 \n",
" flask: 0.10.1-py26_1 \n",
" freetype: 2.5.2-0 \n",
" funcsigs: 0.4-py26_0 \n",
" futures: 2.2.0-py26_0 \n",
" gevent: 1.0.1-py26_0 \n",
" gevent-websocket: 0.9.3-py26_0 \n",
" greenlet: 0.4.5-py26_0 \n",
" grin: 1.2.1-py26_1 \n",
" h5py: 2.4.0-np19py26_0 \n",
" hdf5: 1.8.14-0 \n",
" itsdangerous: 0.24-py26_0 \n",
" jdcal: 1.0-py26_0 \n",
" jedi: 0.8.1-py26_0 \n",
" jinja2: 2.7.3-py26_1 \n",
" jpeg: 8d-1 \n",
" jsonschema: 2.4.0-py26_0 \n",
" libdynd: 0.6.5-0 \n",
" libpng: 1.5.13-1 \n",
" libsodium: 0.4.5-0 \n",
" libtiff: 4.0.2-1 \n",
" libxml2: 2.9.0-1 \n",
" libxslt: 1.1.28-2 \n",
" llvmlite: 0.2.2-py26_1 \n",
" lxml: 3.4.2-py26_0 \n",
" markupsafe: 0.23-py26_0 \n",
" matplotlib: 1.4.3-np19py26_1 \n",
" mistune: 0.5.1-py26_0 \n",
" mock: 1.0.1-py26_0 \n",
" multipledispatch: 0.4.7-py26_0 \n",
" networkx: 1.9.1-py26_0 \n",
" nltk: 3.0.2-np19py26_0 \n",
" nose: 1.3.4-py26_1 \n",
" numba: 0.17.0-np19py26_0\n",
" numexpr: 2.3.1-np19py26_0 \n",
" numpy: 1.9.2-py26_0 \n",
" odo: 0.3.1-np19py26_0 \n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" ordereddict: 1.1-py26_0 \n",
" pandas: 0.15.2-np19py26_1\n",
" patsy: 0.3.0-np19py26_0 \n",
" pep8: 1.6.2-py26_0 \n",
" pillow: 2.7.0-py26_1 \n",
" pip: 6.0.8-py26_0 \n",
" ply: 3.4-py26_0 \n",
" psutil: 2.2.1-py26_0 \n",
" py: 1.4.26-py26_0 \n",
" pyasn1: 0.1.7-py26_0 \n",
" pycosat: 0.6.1-py26_0 \n",
" pycparser: 2.10-py26_0 \n",
" pycrypto: 2.6.1-py26_0 \n",
" pycurl: 7.19.5.1-py26_0 \n",
" pyflakes: 0.8.1-py26_0 \n",
" pygments: 2.0.2-py26_0 \n",
" pyopenssl: 0.14-py26_0 \n",
" pyparsing: 2.0.3-py26_0 \n",
" pyqt: 4.11.3-py26_0 \n",
" pytables: 3.1.1-np19py26_2 \n",
" pytest: 2.6.4-py26_0 \n",
" python: 2.6.9-1 \n",
" python-dateutil: 2.4.1-py26_0 \n",
" python.app: 1.2-py26_3 \n",
" pytz: 2015.2-py26_0 \n",
" pyyaml: 3.11-py26_0 \n",
" pyzmq: 14.5.0-py26_0 \n",
" qt: 4.8.6-0 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" redis: 2.6.9-0 \n",
" redis-py: 2.10.3-py26_0 \n",
" requests: 2.6.0-py26_0 \n",
" rope: 0.9.4-py26_1 \n",
" scikit-image: 0.11.2-np19py26_0\n",
" scikit-learn: 0.15.2-np19py26_0\n",
" scipy: 0.15.1-np19py26_0\n",
" setuptools: 14.3-py26_0 \n",
" sip: 4.16.5-py26_0 \n",
" six: 1.9.0-py26_0 \n",
" sockjs-tornado: 1.0.1-py26_0 \n",
" sphinx: 1.2.3-py26_0 \n",
" sqlalchemy: 0.9.9-py26_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" ssl_match_hostname: 3.4.0.2-py26_0 \n",
" statsmodels: 0.6.1-np19py26_0 \n",
" sympy: 0.7.6-py26_0 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" toolz: 0.7.1-py26_0 \n",
" tornado: 4.1-py26_0 \n",
" ujson: 1.33-py26_0 \n",
" unicodecsv: 0.9.4-py26_0 \n",
" unittest2: 0.8.0-py26_0 \n",
" werkzeug: 0.10.1-py26_0 \n",
" xlrd: 0.9.3-py26_0 \n",
" xlsxwriter: 0.6.7-py26_0 \n",
" xlwings: 0.3.4-py26_0 \n",
" xlwt: 0.7.5-py26_0 \n",
" yaml: 0.1.4-1 \n",
" zeromq: 4.0.4-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[libdynd ]| | 0%\r",
"[libpng ]|# | 1%\r",
"[libsodium ]|## | 2%\r",
"[openssl ]|### | 3%\r",
"[readline ]|#### | 4%\r",
"[redis ]|##### | 4%\r",
"[sqlite ]|###### | 5%\r",
"[tk ]|###### | 6%\r",
"[yaml ]|####### | 7%\r",
"[zlib ]|######## | 8%\r",
"[curl ]|######### | 8%\r",
"[freetype ]|########## | 9%\r",
"[hdf5 ]|########### | 10%\r",
"[libtiff ]|############ | 11%\r",
"[libxml2 ]|############ | 12%\r",
"[zeromq ]|############# | 12%\r",
"[libxslt ]|############## | 13%\r",
"[qt ]|############### | 14%\r",
"[appscript ]|################ | 15%\r",
"[argparse ]|################# | 16%\r",
"[beautiful-soup ]|################## | 16%\r",
"[bitarray ]|################## | 17%\r",
"[boto ]|################### | 18%\r",
"[cdecimal ]|#################### | 19%\r",
"[certifi ]|##################### | 20%\r",
"[colorama ]|###################### | 20%\r",
"[cython ]|####################### | 21%\r",
"[cytoolz ]|######################## | 22%\r",
"[decorator ]|######################### | 23%\r",
"[docutils ]|######################### | 24%\r",
"[fastcache ]|########################## | 25%\r",
"[funcsigs ]|########################### | 25%\r",
"[futures ]|############################ | 26%\r",
"[greenlet ]|############################# | 27%\r",
"[gevent ]|############################## | 28%\r",
"[grin ]|############################### | 29%\r",
"[itsdangerous ]|############################### | 29%\r",
"[jdcal ]|################################ | 30%\r",
"[jedi ]|################################# | 31%\r",
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"[markupsafe ]|#################################### | 33%\r",
"[mistune ]|##################################### | 34%\r",
"[mock ]|##################################### | 35%\r",
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"[networkx ]|####################################### | 37%\r",
"[nose ]|######################################## | 37%\r",
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"[astropy ]|########################################### | 40%\r",
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"[dynd-python ]|############################################ | 41%\r",
"[numexpr ]|############################################# | 42%\r",
"[ordereddict ]|############################################## | 43%\r",
"[enum34 ]|############################################### | 44%\r",
"[llvmlite ]|################################################ | 45%\r",
"[pep8 ]|################################################# | 45%\r",
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"[sip ]|####################################################################### | 66%\r",
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"[unicodecsv ]|############################################################################# | 72%\r",
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"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py2.6a\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2.7a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" _license: 1.1-py27_0 \n",
" abstract-rendering: 0.5.1-np19py27_0 \n",
" anaconda: 2.2.0-np19py27_0 \n",
" appscript: 1.0.1-py27_0 \n",
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" astropy: 1.0.1-np19py27_0 \n",
" bcolz: 0.8.1-np19py27_0 \n",
" beautiful-soup: 4.3.2-py27_0 \n",
" binstar: 0.10.1-py27_3 \n",
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" blaze-core: 0.7.3-np19py27_0 \n",
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" certifi: 14.05.14-py27_0 \n",
" cffi: 0.9.2-py27_0 \n",
" clyent: 0.3.4-py27_0 \n",
" colorama: 0.3.3-py27_0 \n",
" configobj: 5.0.6-py27_0 \n",
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" futures: 2.2.0-py27_0 \n",
" gevent: 1.0.1-py27_0 \n",
" gevent-websocket: 0.9.3-py27_0 \n",
" greenlet: 0.4.5-py27_0 \n",
" grin: 1.2.1-py27_1 \n",
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" jdcal: 1.0-py27_0 \n",
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" libdynd: 0.6.5-0 \n",
" libpng: 1.5.13-1 \n",
" libsodium: 0.4.5-0 \n",
" libtiff: 4.0.2-1 \n",
" libxml2: 2.9.0-1 \n",
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" llvmlite: 0.2.2-py27_1 \n",
" lxml: 3.4.2-py27_0 \n",
" markupsafe: 0.23-py27_0 \n",
" matplotlib: 1.4.3-np19py27_1 \n",
" mistune: 0.5.1-py27_0 \n",
" mock: 1.0.1-py27_0 \n",
" multipledispatch: 0.4.7-py27_0 \n",
" networkx: 1.9.1-py27_0 \n",
" nltk: 3.0.2-np19py27_0 \n",
" node-webkit: 0.10.1-0 \n",
" nose: 1.3.4-py27_1 \n",
" numba: 0.17.0-np19py27_0\n",
" numexpr: 2.3.1-np19py27_0 \n",
" numpy: 1.9.2-py27_0 \n",
" odo: 0.3.1-np19py27_0 \n",
" openpyxl: 1.8.5-py27_0 \n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pandas: 0.15.2-np19py27_1\n",
" patsy: 0.3.0-np19py27_0 \n",
" pep8: 1.6.2-py27_0 \n",
" pillow: 2.7.0-py27_1 \n",
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" ply: 3.4-py27_0 \n",
" psutil: 2.2.1-py27_0 \n",
" ptyprocess: 0.4-py27_0 \n",
" py: 1.4.26-py27_0 \n",
" pyasn1: 0.1.7-py27_0 \n",
" pyaudio: 0.2.7-py27_0 \n",
" pycosat: 0.6.1-py27_0 \n",
" pycparser: 2.10-py27_0 \n",
" pycrypto: 2.6.1-py27_0 \n",
" pycurl: 7.19.5.1-py27_0 \n",
" pyflakes: 0.8.1-py27_0 \n",
" pygments: 2.0.2-py27_0 \n",
" pyopenssl: 0.14-py27_0 \n",
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" pyqt: 4.11.3-py27_0 \n",
" pytables: 3.1.1-np19py27_2 \n",
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" python-dateutil: 2.4.1-py27_0 \n",
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" pytz: 2015.2-py27_0 \n",
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" requests: 2.6.0-py27_0 \n",
" rope: 0.9.4-py27_1 \n",
" runipy: 0.1.3-py27_0 \n",
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" scikit-learn: 0.15.2-np19py27_0\n",
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" setuptools: 14.3-py27_0 \n",
" sip: 4.16.5-py27_0 \n",
" six: 1.9.0-py27_0 \n",
" sockjs-tornado: 1.0.1-py27_0 \n",
" sphinx: 1.2.3-py27_0 \n",
" spyder: 2.3.4-py27_1 \n",
" spyder-app: 2.3.4-py27_0 \n",
" sqlalchemy: 0.9.9-py27_0 \n",
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" ssl_match_hostname: 3.4.0.2-py27_0 \n",
" statsmodels: 0.6.1-np19py27_0 \n",
" sympy: 0.7.6-py27_0 \n",
" terminado: 0.5-py27_0 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" toolz: 0.7.1-py27_0 \n",
" tornado: 4.1-py27_0 \n",
" ujson: 1.33-py27_0 \n",
" unicodecsv: 0.9.4-py27_0 \n",
" werkzeug: 0.10.1-py27_0 \n",
" xlrd: 0.9.3-py27_0 \n",
" xlsxwriter: 0.6.7-py27_0 \n",
" xlwings: 0.3.4-py27_0 \n",
" xlwt: 0.7.5-py27_0 \n",
" yaml: 0.1.4-1 \n",
" zeromq: 4.0.4-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[libpng ]|# | 1%\r",
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"[sqlite ]|###### | 5%\r",
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"[hdf5 ]|########## | 10%\r",
"[libtiff ]|############ | 11%\r",
"[zeromq ]|############## | 13%\r",
"[qt ]|############### | 14%\r",
"[appscript ]|################# | 16%\r",
"[bitarray ]|################## | 17%\r",
"[cdecimal ]|#################### | 18%\r",
"[clyent ]|##################### | 20%\r",
"[cython ]|####################### | 21%\r",
"[decorator ]|######################## | 23%\r",
"[enum34 ]|########################## | 24%\r",
"[funcsigs ]|############################ | 26%\r",
"[greenlet ]|############################# | 27%\r",
"[grin ]|############################### | 29%\r",
"[jdcal ]|################################ | 30%\r",
"[jsonschema ]|################################## | 32%\r",
"[lxml ]|################################### | 33%\r",
"[mistune ]|##################################### | 35%\r",
"[multipledispatch ]|####################################### | 36%\r",
"[nose ]|######################################## | 37%\r",
"[abstract-rendering ]|########################################## | 39%\r",
"[bcolz ]|########################################### | 40%\r",
"[h5py ]|############################################# | 42%\r",
"[numexpr ]|############################################## | 43%\r",
"[openpyxl ]|################################################ | 45%\r",
"[pillow ]|################################################# | 46%\r",
"[psutil ]|################################################### | 48%\r",
"[py ]|##################################################### | 49%\r",
"[pyaudio ]|###################################################### | 51%\r",
"[pycparser ]|######################################################## | 52%\r",
"[pycrypto ]|######################################################### | 54%\r",
"[pyflakes ]|########################################################### | 55%\r",
"[pyparsing ]|############################################################ | 56%\r",
"[pytest ]|############################################################## | 58%\r",
"[python.app ]|################################################################ | 59%\r",
"[pyyaml ]|################################################################# | 61%\r",
"[redis-py ]|################################################################### | 62%\r",
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"[setuptools ]|###################################################################### | 65%\r",
"[six ]|####################################################################### | 67%\r",
"[ssl_match_hostname ]|######################################################################### | 68%\r",
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"[unicodecsv ]|############################################################################ | 71%\r",
"[xlrd ]|############################################################################## | 72%\r",
"[xlwt ]|############################################################################### | 74%\r",
"[configobj ]|################################################################################# | 75%\r",
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"[patsy ]|##################################################################################### | 80%\r",
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"[pandas ]|############################################################################################### | 89%\r",
"[sockjs-tornado ]|################################################################################################ | 90%\r",
"[terminado ]|################################################################################################## | 91%\r",
"[ipython-notebook ]|################################################################################################### | 93%\r",
"[scikit-image ]|##################################################################################################### | 94%\r",
"[statsmodels ]|####################################################################################################### | 96%\r",
"[runipy ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[anaconda ]|########################################################################################################## | 99%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py2.7a\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py3.3a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" abstract-rendering: 0.5.1-np19py33_0 \n",
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" appscript: 1.0.1-py33_0 \n",
" argcomplete: 0.8.4-py33_0 \n",
" astropy: 1.0.1-np19py33_0 \n",
" bcolz: 0.8.1-np19py33_0 \n",
" beautiful-soup: 4.3.2-py33_0 \n",
" binstar: 0.10.1-py33_3 \n",
" bitarray: 0.8.1-py33_0 \n",
" blaze-core: 0.7.3-np19py33_0 \n",
" blz: 0.6.2-np19py33_0 \n",
" bokeh: 0.8.1-np19py33_1 \n",
" boto: 2.36.0-py33_0 \n",
" certifi: 14.05.14-py33_0 \n",
" cffi: 0.9.2-py33_0 \n",
" clyent: 0.3.4-py33_0 \n",
" colorama: 0.3.3-py33_0 \n",
" configobj: 5.0.6-py33_0 \n",
" cryptography: 0.8-py33_0 \n",
" curl: 7.38.0-0 \n",
" cython: 0.22-py33_0 \n",
" cytoolz: 0.7.2-py33_0 \n",
" datashape: 0.4.4-np19py33_1 \n",
" decorator: 3.4.0-py33_0 \n",
" docutils: 0.12-py33_0 \n",
" dynd-python: 0.6.5-np19py33_0 \n",
" enum34: 1.0.4-py33_0 \n",
" fastcache: 1.0.2-py33_0 \n",
" flask: 0.10.1-py33_1 \n",
" freetype: 2.5.2-0 \n",
" greenlet: 0.4.5-py33_0 \n",
" h5py: 2.4.0-np19py33_0 \n",
" hdf5: 1.8.14-0 \n",
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" ipython-notebook: 3.0.0-py33_1 \n",
" ipython-qtconsole: 3.0.0-py33_0 \n",
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" jdcal: 1.0-py33_0 \n",
" jedi: 0.8.1-py33_0 \n",
" jinja2: 2.7.3-py33_1 \n",
" jpeg: 8d-1 \n",
" jsonschema: 2.4.0-py33_0 \n",
" libdynd: 0.6.5-0 \n",
" libpng: 1.5.13-1 \n",
" libsodium: 0.4.5-0 \n",
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" lxml: 3.4.2-py33_0 \n",
" markupsafe: 0.23-py33_0 \n",
" matplotlib: 1.4.3-np19py33_1 \n",
" mistune: 0.5.1-py33_0 \n",
" mock: 1.0.1-py33_0 \n",
" multipledispatch: 0.4.7-py33_0 \n",
" networkx: 1.9.1-py33_0 \n",
" nltk: 3.0.2-np19py33_0 \n",
" nose: 1.3.4-py33_1 \n",
" numba: 0.17.0-np19py33_0\n",
" numexpr: 2.3.1-np19py33_0 \n",
" numpy: 1.9.2-py33_0 \n",
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" openssl: 1.0.1k-1 \n",
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" pycrypto: 2.6.1-py33_0 \n",
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" pyflakes: 0.8.1-py33_0 \n",
" pygments: 2.0.2-py33_0 \n",
" pyopenssl: 0.14-py33_0 \n",
" pyparsing: 2.0.3-py33_0 \n",
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" pyzmq: 14.5.0-py33_0 \n",
" qt: 4.8.6-0 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" redis: 2.6.9-0 \n",
" redis-py: 2.10.3-py33_0 \n",
" requests: 2.6.0-py33_0 \n",
" rope: 0.9.4-py33_1 \n",
" runipy: 0.1.3-py33_0 \n",
" scikit-image: 0.11.2-np19py33_0\n",
" scikit-learn: 0.15.2-np19py33_0\n",
" scipy: 0.15.1-np19py33_0\n",
" setuptools: 14.3-py33_0 \n",
" sip: 4.16.5-py33_0 \n",
" six: 1.9.0-py33_0 \n",
" sockjs-tornado: 1.0.1-py33_0 \n",
" sphinx: 1.2.3-py33_0 \n",
" sqlalchemy: 0.9.9-py33_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" statsmodels: 0.6.1-np19py33_0 \n",
" sympy: 0.7.6-py33_0 \n",
" terminado: 0.5-py33_0 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" toolz: 0.7.1-py33_0 \n",
" tornado: 4.1-py33_0 \n",
" ujson: 1.33-py33_0 \n",
" werkzeug: 0.10.1-py33_0 \n",
" xlrd: 0.9.3-py33_0 \n",
" xlsxwriter: 0.6.7-py33_0 \n",
" xlwings: 0.3.4-py33_0 \n",
" xz: 5.0.5-0 \n",
" yaml: 0.1.4-1 \n",
" zeromq: 4.0.4-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[libdynd ]| | 0%\r",
"[libpng ]|# | 1%\r",
"[libsodium ]|## | 2%\r",
"[openssl ]|### | 3%\r",
"[readline ]|#### | 4%\r",
"[redis ]|##### | 4%\r",
"[sqlite ]|###### | 5%\r",
"[tk ]|###### | 6%\r",
"[xz ]|####### | 7%\r",
"[yaml ]|######## | 8%\r",
"[zlib ]|######### | 8%\r",
"[curl ]|########## | 9%\r",
"[freetype ]|########### | 10%\r",
"[hdf5 ]|############ | 11%\r",
"[libtiff ]|############# | 12%\r",
"[libxml2 ]|############# | 13%\r",
"[zeromq ]|############## | 13%\r",
"[libxslt ]|############### | 14%\r",
"[qt ]|################ | 15%\r",
"[appscript ]|################# | 16%\r",
"[beautiful-soup ]|################## | 17%\r",
"[bitarray ]|################### | 17%\r",
"[boto ]|#################### | 18%\r",
"[certifi ]|#################### | 19%\r",
"[clyent ]|##################### | 20%\r",
"[colorama ]|###################### | 21%\r",
"[cython ]|####################### | 21%\r",
"[cytoolz ]|######################## | 22%\r",
"[decorator ]|######################### | 23%\r",
"[docutils ]|########################## | 24%\r",
"[enum34 ]|########################## | 25%\r",
"[fastcache ]|########################### | 26%\r",
"[greenlet ]|############################ | 26%\r",
"[itsdangerous ]|############################# | 27%\r",
"[jdcal ]|############################## | 28%\r",
"[jedi ]|############################### | 29%\r",
"[jsonschema ]|################################ | 30%\r",
"[llvmlite ]|################################# | 30%\r",
"[lxml ]|################################# | 31%\r",
"[markupsafe ]|################################## | 32%\r",
"[mistune ]|################################### | 33%\r",
"[mock ]|#################################### | 34%\r",
"[multipledispatch ]|##################################### | 34%\r",
"[networkx ]|###################################### | 35%\r",
"[nose ]|####################################### | 36%\r",
"[numpy ]|######################################## | 37%\r",
"[abstract-rendering ]|######################################## | 38%\r",
"[astropy ]|######################################### | 39%\r",
"[bcolz ]|########################################## | 39%\r",
"[dynd-python ]|########################################### | 40%\r",
"[h5py ]|############################################ | 41%\r",
"[numba ]|############################################# | 42%\r",
"[numexpr ]|############################################## | 43%\r",
"[blz ]|############################################## | 43%\r",
"[openpyxl ]|############################################### | 44%\r",
"[pep8 ]|################################################ | 45%\r",
"[pillow ]|################################################# | 46%\r",
"[ply ]|################################################## | 47%\r",
"[psutil ]|################################################### | 47%\r",
"[ptyprocess ]|#################################################### | 48%\r",
"[py ]|##################################################### | 49%\r",
"[pyasn1 ]|##################################################### | 50%\r",
"[pycosat ]|###################################################### | 51%\r",
"[pycparser ]|####################################################### | 52%\r",
"[cffi ]|######################################################## | 52%\r",
"[pycrypto ]|######################################################### | 53%\r",
"[pycurl ]|########################################################## | 54%\r",
"[pyflakes ]|########################################################### | 55%\r",
"[pygments ]|############################################################ | 56%\r",
"[pyparsing ]|############################################################ | 56%\r",
"[pytables ]|############################################################# | 57%\r",
"[pytest ]|############################################################## | 58%\r",
"[python ]|############################################################### | 59%\r",
"[python.app ]|################################################################ | 60%\r",
"[pytz ]|################################################################# | 60%\r",
"[pyyaml ]|################################################################## | 61%\r",
"[pyzmq ]|################################################################## | 62%\r",
"[redis-py ]|################################################################### | 63%\r",
"[requests ]|#################################################################### | 64%\r",
"[rope ]|##################################################################### | 65%\r",
"[scipy ]|###################################################################### | 65%\r",
"[setuptools ]|####################################################################### | 66%\r",
"[sip ]|######################################################################## | 67%\r",
"[six ]|######################################################################### | 68%\r",
"[sqlalchemy ]|######################################################################### | 69%\r",
"[sympy ]|########################################################################## | 69%\r",
"[toolz ]|########################################################################### | 70%\r",
"[tornado ]|############################################################################ | 71%\r",
"[ujson ]|############################################################################# | 72%\r",
"[werkzeug ]|############################################################################## | 73%\r",
"[xlrd ]|############################################################################### | 73%\r",
"[xlsxwriter ]|################################################################################ | 74%\r",
"[argcomplete ]|################################################################################ | 75%\r",
"[configobj ]|################################################################################# | 76%\r",
"[cryptography ]|################################################################################## | 77%\r",
"[ipython ]|################################################################################### | 78%\r",
"[jinja2 ]|#################################################################################### | 78%\r",
"[nltk ]|##################################################################################### | 79%\r",
"[patsy ]|###################################################################################### | 80%\r",
"[pip ]|###################################################################################### | 81%\r",
"[pyqt ]|####################################################################################### | 82%\r",
"[python-dateutil ]|######################################################################################## | 82%\r",
"[scikit-learn ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[sockjs-tornado ]|########################################################################################## | 84%\r",
"[terminado ]|########################################################################################### | 85%\r",
"[xlwings ]|############################################################################################ | 86%\r",
"[binstar ]|############################################################################################# | 86%\r",
"[datashape ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[flask ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[ipython-notebook ]|############################################################################################### | 89%\r",
"[ipython-qtconsole ]|################################################################################################ | 90%\r",
"[matplotlib ]|################################################################################################# | 91%\r",
"[pandas ]|################################################################################################## | 91%\r",
"[pyopenssl ]|################################################################################################### | 92%\r",
"[sphinx ]|#################################################################################################### | 93%\r",
"[bokeh ]|#################################################################################################### | 94%\r",
"[odo ]|##################################################################################################### | 95%\r",
"[runipy ]|###################################################################################################### | 95%\r",
"[scikit-image ]|####################################################################################################### | 96%\r",
"[statsmodels ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[blaze-core ]|######################################################################################################### | 98%\r",
"[anaconda ]|########################################################################################################## | 99%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py3.3a\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py3.4a:\n",
"\n",
"The following packages will be downloaded:\n",
"\n",
" package | build\n",
" ---------------------------|-----------------\n",
" sphinx-1.2.3 | py34_0 1015 KB\n",
" bokeh-0.8.1 | np19py34_1 13.5 MB\n",
" odo-0.3.1 | np19py34_0 141 KB\n",
" runipy-0.1.3 | py34_0 9 KB\n",
" scikit-image-0.11.2 | np19py34_0 15.9 MB\n",
" spyder-2.3.4 | py34_1 4.0 MB\n",
" statsmodels-0.6.1 | np19py34_0 4.7 MB\n",
" blaze-core-0.7.3 | np19py34_0 313 KB\n",
" spyder-app-2.3.4 | py34_0 7 KB\n",
" anaconda-2.2.0 | np19py34_0 3 KB\n",
" ------------------------------------------------------------\n",
" Total: 39.6 MB\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" _license: 1.1-py34_0 \n",
" abstract-rendering: 0.5.1-np19py34_0 \n",
" anaconda: 2.2.0-np19py34_0 \n",
" appscript: 1.0.1-py34_0 \n",
" argcomplete: 0.8.4-py34_0 \n",
" astropy: 1.0.1-np19py34_0 \n",
" bcolz: 0.8.1-np19py34_0 \n",
" beautiful-soup: 4.3.2-py34_0 \n",
" binstar: 0.10.1-py34_3 \n",
" bitarray: 0.8.1-py34_0 \n",
" blaze-core: 0.7.3-np19py34_0 \n",
" blz: 0.6.2-np19py34_0 \n",
" bokeh: 0.8.1-np19py34_1 \n",
" boto: 2.36.0-py34_0 \n",
" certifi: 14.05.14-py34_0 \n",
" cffi: 0.9.2-py34_0 \n",
" clyent: 0.3.4-py34_0 \n",
" colorama: 0.3.3-py34_0 \n",
" configobj: 5.0.6-py34_0 \n",
" cryptography: 0.8-py34_0 \n",
" curl: 7.38.0-0 \n",
" cython: 0.22-py34_0 \n",
" cytoolz: 0.7.2-py34_0 \n",
" datashape: 0.4.4-np19py34_1 \n",
" decorator: 3.4.0-py34_0 \n",
" docutils: 0.12-py34_0 \n",
" dynd-python: 0.6.5-np19py34_0 \n",
" fastcache: 1.0.2-py34_0 \n",
" flask: 0.10.1-py34_1 \n",
" freetype: 2.5.2-0 \n",
" greenlet: 0.4.5-py34_0 \n",
" h5py: 2.4.0-np19py34_0 \n",
" hdf5: 1.8.14-0 \n",
" ipython: 3.0.0-py34_0 \n",
" ipython-notebook: 3.0.0-py34_1 \n",
" ipython-qtconsole: 3.0.0-py34_0 \n",
" itsdangerous: 0.24-py34_0 \n",
" jdcal: 1.0-py34_0 \n",
" jedi: 0.8.1-py34_0 \n",
" jinja2: 2.7.3-py34_1 \n",
" jpeg: 8d-1 \n",
" jsonschema: 2.4.0-py34_0 \n",
" launcher: 1.0.0-2 \n",
" libdynd: 0.6.5-0 \n",
" libpng: 1.5.13-1 \n",
" libsodium: 0.4.5-0 \n",
" libtiff: 4.0.2-1 \n",
" libxml2: 2.9.0-1 \n",
" libxslt: 1.1.28-2 \n",
" llvmlite: 0.2.2-py34_1 \n",
" lxml: 3.4.2-py34_0 \n",
" markupsafe: 0.23-py34_0 \n",
" matplotlib: 1.4.3-np19py34_1 \n",
" mistune: 0.5.1-py34_0 \n",
" mock: 1.0.1-py34_0 \n",
" multipledispatch: 0.4.7-py34_0 \n",
" networkx: 1.9.1-py34_0 \n",
" nltk: 3.0.2-np19py34_0 \n",
" node-webkit: 0.10.1-0 \n",
" nose: 1.3.4-py34_1 \n",
" numba: 0.17.0-np19py34_0\n",
" numexpr: 2.3.1-np19py34_0 \n",
" numpy: 1.9.2-py34_0 \n",
" odo: 0.3.1-np19py34_0 \n",
" openpyxl: 1.8.5-py34_0 \n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pandas: 0.15.2-np19py34_1\n",
" patsy: 0.3.0-np19py34_0 \n",
" pep8: 1.6.2-py34_0 \n",
" pillow: 2.7.0-py34_1 \n",
" pip: 6.0.8-py34_0 \n",
" ply: 3.4-py34_0 \n",
" psutil: 2.2.1-py34_0 \n",
" ptyprocess: 0.4-py34_0 \n",
" py: 1.4.26-py34_0 \n",
" pyasn1: 0.1.7-py34_0 \n",
" pycosat: 0.6.1-py34_0 \n",
" pycparser: 2.10-py34_0 \n",
" pycrypto: 2.6.1-py34_0 \n",
" pycurl: 7.19.5.1-py34_0 \n",
" pyflakes: 0.8.1-py34_0 \n",
" pygments: 2.0.2-py34_0 \n",
" pyopenssl: 0.14-py34_0 \n",
" pyparsing: 2.0.3-py34_0 \n",
" pyqt: 4.11.3-py34_0 \n",
" pytables: 3.1.1-np19py34_2 \n",
" pytest: 2.6.4-py34_0 \n",
" python: 3.4.3-0 \n",
" python-dateutil: 2.4.1-py34_0 \n",
" python.app: 1.2-py34_3 \n",
" pytz: 2015.2-py34_0 \n",
" pyyaml: 3.11-py34_0 \n",
" pyzmq: 14.5.0-py34_0 \n",
" qt: 4.8.6-0 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" redis: 2.6.9-0 \n",
" redis-py: 2.10.3-py34_0 \n",
" requests: 2.6.0-py34_0 \n",
" rope: 0.9.4-py34_1 \n",
" runipy: 0.1.3-py34_0 \n",
" scikit-image: 0.11.2-np19py34_0\n",
" scikit-learn: 0.15.2-np19py34_0\n",
" scipy: 0.15.1-np19py34_0\n",
" setuptools: 14.3-py34_0 \n",
" sip: 4.16.5-py34_0 \n",
" six: 1.9.0-py34_0 \n",
" sockjs-tornado: 1.0.1-py34_0 \n",
" sphinx: 1.2.3-py34_0 \n",
" spyder: 2.3.4-py34_1 \n",
" spyder-app: 2.3.4-py34_0 \n",
" sqlalchemy: 0.9.9-py34_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" statsmodels: 0.6.1-np19py34_0 \n",
" sympy: 0.7.6-py34_0 \n",
" terminado: 0.5-py34_0 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" toolz: 0.7.1-py34_0 \n",
" tornado: 4.1-py34_0 \n",
" ujson: 1.33-py34_0 \n",
" werkzeug: 0.10.1-py34_0 \n",
" xlrd: 0.9.3-py34_0 \n",
" xlsxwriter: 0.6.7-py34_0 \n",
" xlwings: 0.3.4-py34_0 \n",
" xz: 5.0.5-0 \n",
" yaml: 0.1.4-1 \n",
" zeromq: 4.0.4-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Fetching packages ...\n",
"sphinx-1.2.3-p 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 1% |# | ETA: 0:00:04 209.02 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 3% |## | ETA: 0:00:02 397.01 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 4% |#### | ETA: 0:00:03 283.59 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 6% |##### | ETA: 0:00:02 371.98 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 7% |###### | ETA: 0:00:02 327.30 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 9% |######## | ETA: 0:00:02 387.19 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 11% |######### | ETA: 0:00:02 355.01 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 12% |########### | ETA: 0:00:02 399.88 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 14% |############ | ETA: 0:00:02 441.01 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 15% |############# | ETA: 0:00:02 405.65 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 17% |############### | ETA: 0:00:01 440.93 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 18% |################ | ETA: 0:00:02 418.07 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 20% |################## | ETA: 0:00:01 440.97 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 22% |################### | ETA: 0:00:01 466.13 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 23% |#################### | ETA: 0:00:01 448.19 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 25% |###################### | ETA: 0:00:01 462.82 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 26% |####################### | ETA: 0:00:01 486.22 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 28% |######################## | ETA: 0:00:01 473.68 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 29% |########################## | ETA: 0:00:01 484.58 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 31% |########################### | ETA: 0:00:01 505.26 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 33% |############################# | ETA: 0:00:01 493.51 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 34% |############################## | ETA: 0:00:01 502.32 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 36% |############################### | ETA: 0:00:01 520.16 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 37% |################################# | ETA: 0:00:01 540.14 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 39% |################################## | ETA: 0:00:01 527.97 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 40% |#################################### | ETA: 0:00:01 524.42 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 42% |##################################### | ETA: 0:00:01 543.93 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 44% |###################################### | ETA: 0:00:01 560.06 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 45% |######################################## | ETA: 0:00:01 544.13 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 47% |######################################### | ETA: 0:00:01 546.28 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 48% |########################################### | ETA: 0:00:00 563.94 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 50% |############################################ | ETA: 0:00:00 567.90 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 52% |############################################# | ETA: 0:00:00 569.47 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 53% |############################################### | ETA: 0:00:00 569.25 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 55% |################################################ | ETA: 0:00:00 584.01 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 56% |################################################# | ETA: 0:00:00 598.65 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 58% |################################################### | ETA: 0:00:00 591.20 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 59% |#################################################### | ETA: 0:00:00 590.84 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 61% |###################################################### | ETA: 0:00:00 603.08 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 63% |####################################################### | ETA: 0:00:00 616.36 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 64% |######################################################## | ETA: 0:00:00 622.41 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 66% |########################################################## | ETA: 0:00:00 614.61 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 67% |########################################################### | ETA: 0:00:00 621.56 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 69% |############################################################# | ETA: 0:00:00 633.63 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 70% |############################################################## | ETA: 0:00:00 644.79 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 72% |############################################################### | ETA: 0:00:00 639.00 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 74% |################################################################# | ETA: 0:00:00 637.70 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 75% |################################################################## | ETA: 0:00:00 649.94 kB/s\r",
"sphinx-1.2.3-p 77% |################################################################### | ETA: 0:00:00 660.76 kB/s\r",
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"[matplotlib ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[pandas ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[pyopenssl ]|############################################################################################### | 89%\r",
"[sphinx ]|################################################################################################ | 90%\r",
"[bokeh ]|################################################################################################# | 91%\r",
"[odo ]|################################################################################################## | 92%\r",
"[runipy ]|################################################################################################### | 93%\r",
"[scikit-image ]|#################################################################################################### | 94%\r",
"[spyder ]|##################################################################################################### | 95%\r",
"[statsmodels ]|###################################################################################################### | 96%\r",
"[blaze-core ]|####################################################################################################### | 97%\r",
"[spyder-app ]|######################################################################################################## | 98%\r",
"[anaconda ]|######################################################################################################### | 99%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[libdynd ]| | 0%\r",
"[libpng ]|# | 1%\r",
"[libsodium ]|## | 2%\r",
"[node-webkit ]|### | 3%\r",
"[openssl ]|#### | 3%\r",
"[readline ]|##### | 4%\r",
"[redis ]|##### | 5%\r",
"[sqlite ]|###### | 6%\r",
"[tk ]|####### | 7%\r",
"[xz ]|######## | 7%\r",
"[yaml ]|######### | 8%\r",
"[zlib ]|########## | 9%\r",
"[curl ]|########## | 10%\r",
"[freetype ]|########### | 11%\r",
"[hdf5 ]|############ | 11%\r",
"[launcher ]|############# | 12%\r",
"[libtiff ]|############## | 13%\r",
"[libxml2 ]|############### | 14%\r",
"[zeromq ]|################ | 14%\r",
"[libxslt ]|################ | 15%\r",
"[qt ]|################# | 16%\r",
"[_license ]|################## | 17%\r",
"[appscript ]|################### | 18%\r",
"[beautiful-soup ]|#################### | 18%\r",
"[bitarray ]|##################### | 19%\r",
"[boto ]|##################### | 20%\r",
"[certifi ]|###################### | 21%\r",
"[clyent ]|####################### | 22%\r",
"[colorama ]|######################## | 22%\r",
"[cython ]|######################### | 23%\r",
"[cytoolz ]|########################## | 24%\r",
"[decorator ]|########################## | 25%\r",
"[docutils ]|########################### | 25%\r",
"[fastcache ]|############################ | 26%\r",
"[greenlet ]|############################# | 27%\r",
"[itsdangerous ]|############################## | 28%\r",
"[jdcal ]|############################### | 29%\r",
"[jedi ]|################################ | 29%\r",
"[jsonschema ]|################################ | 30%\r",
"[llvmlite ]|################################# | 31%\r",
"[lxml ]|################################## | 32%\r",
"[markupsafe ]|################################### | 33%\r",
"[mistune ]|#################################### | 33%\r",
"[mock ]|##################################### | 34%\r",
"[multipledispatch ]|##################################### | 35%\r",
"[networkx ]|###################################### | 36%\r",
"[nose ]|####################################### | 37%\r",
"[numpy ]|######################################## | 37%\r",
"[abstract-rendering ]|######################################### | 38%\r",
"[astropy ]|########################################## | 39%\r",
"[bcolz ]|########################################## | 40%\r",
"[dynd-python ]|########################################### | 40%\r",
"[h5py ]|############################################ | 41%\r",
"[numba ]|############################################# | 42%\r",
"[numexpr ]|############################################## | 43%\r",
"[blz ]|############################################### | 44%\r",
"[openpyxl ]|################################################ | 44%\r",
"[pep8 ]|################################################ | 45%\r",
"[pillow ]|################################################# | 46%\r",
"[ply ]|################################################## | 47%\r",
"[psutil ]|################################################### | 48%\r",
"[ptyprocess ]|#################################################### | 48%\r",
"[py ]|##################################################### | 49%\r",
"[pyasn1 ]|##################################################### | 50%\r",
"[pycosat ]|###################################################### | 51%\r",
"[pycparser ]|####################################################### | 51%\r",
"[cffi ]|######################################################## | 52%\r",
"[pycrypto ]|######################################################### | 53%\r",
"[pycurl ]|########################################################## | 54%\r",
"[pyflakes ]|########################################################## | 55%\r",
"[pygments ]|########################################################### | 55%\r",
"[pyparsing ]|############################################################ | 56%\r",
"[pytables ]|############################################################# | 57%\r",
"[pytest ]|############################################################## | 58%\r",
"[python ]|############################################################### | 59%\r",
"[python.app ]|################################################################ | 59%\r",
"[pytz ]|################################################################ | 60%\r",
"[pyyaml ]|################################################################# | 61%\r",
"[pyzmq ]|################################################################## | 62%\r",
"[redis-py ]|################################################################### | 62%\r",
"[requests ]|#################################################################### | 63%\r",
"[rope ]|##################################################################### | 64%\r",
"[scipy ]|##################################################################### | 65%\r",
"[setuptools ]|###################################################################### | 66%\r",
"[sip ]|####################################################################### | 66%\r",
"[six ]|######################################################################## | 67%\r",
"[sqlalchemy ]|######################################################################### | 68%\r",
"[sympy ]|########################################################################## | 69%\r",
"[toolz ]|########################################################################## | 70%\r",
"[tornado ]|########################################################################### | 70%\r",
"[ujson ]|############################################################################ | 71%\r",
"[werkzeug ]|############################################################################# | 72%\r",
"[xlrd ]|############################################################################## | 73%\r",
"[xlsxwriter ]|############################################################################### | 74%\r",
"[argcomplete ]|################################################################################ | 74%\r",
"[configobj ]|################################################################################ | 75%\r",
"[cryptography ]|################################################################################# | 76%\r",
"[ipython ]|################################################################################## | 77%\r",
"[jinja2 ]|################################################################################### | 77%\r",
"[nltk ]|#################################################################################### | 78%\r",
"[patsy ]|##################################################################################### | 79%\r",
"[pip ]|##################################################################################### | 80%\r",
"[pyqt ]|###################################################################################### | 81%\r",
"[python-dateutil ]|####################################################################################### | 81%\r",
"[scikit-learn ]|######################################################################################## | 82%\r",
"[sockjs-tornado ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[terminado ]|########################################################################################## | 84%\r",
"[xlwings ]|########################################################################################## | 85%\r",
"[binstar ]|########################################################################################### | 85%\r",
"[datashape ]|############################################################################################ | 86%\r",
"[flask ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[ipython-notebook ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[ipython-qtconsole ]|############################################################################################### | 88%\r",
"[matplotlib ]|################################################################################################ | 89%\r",
"[pandas ]|################################################################################################ | 90%\r",
"[pyopenssl ]|################################################################################################# | 91%\r",
"[sphinx ]|################################################################################################## | 92%\r",
"[bokeh ]|################################################################################################### | 92%\r",
"[odo ]|#################################################################################################### | 93%\r",
"[runipy ]|##################################################################################################### | 94%\r",
"[scikit-image ]|##################################################################################################### | 95%\r",
"[spyder ]|###################################################################################################### | 96%\r",
"[statsmodels ]|####################################################################################################### | 96%\r",
"[blaze-core ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[spyder-app ]|######################################################################################################### | 98%\r",
"[anaconda ]|########################################################################################################## | 99%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py3.4a\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .............\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py27_0\n",
" python: 2.7.9-1 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py27_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|############# | 12%\r",
"[sqlite ]|########################## | 25%\r",
"[tk ]|######################################## | 37%\r",
"[zlib ]|##################################################### | 50%\r",
"[python ]|################################################################## | 62%\r",
"[setuptools ]|################################################################################ | 75%\r",
"[pip ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py2\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"# All requested packages already installed.\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda/envs/py2:\n",
"#\n",
"openssl 1.0.1k 1 \n",
"pip 6.1.1 py27_0 \n",
"python 2.7.9 1 \n",
"readline 6.2 2 \n",
"setuptools 15.2 py27_0 \n",
"sqlite 3.8.4.1 1 \n",
"tk 8.5.18 0 \n",
"zlib 1.2.8 0 \n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .............\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py3:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py34_0\n",
" python: 3.4.3-0 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py34_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" xz: 5.0.5-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|########### | 11%\r",
"[sqlite ]|####################### | 22%\r",
"[tk ]|################################### | 33%\r",
"[xz ]|############################################### | 44%\r",
"[zlib ]|########################################################### | 55%\r",
"[python ]|####################################################################### | 66%\r",
"[setuptools ]|################################################################################### | 77%\r",
"[pip ]|############################################################################################### | 88%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py3\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"# All requested packages already installed.\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda/envs/py3:\n",
"#\n",
"openssl 1.0.1k 1 \n",
"pip 6.1.1 py34_0 \n",
"python 3.4.3 0 \n",
"readline 6.2 2 \n",
"setuptools 15.2 py34_0 \n",
"sqlite 3.8.4.1 1 \n",
"tk 8.5.18 0 \n",
"xz 5.0.5 0 \n",
"zlib 1.2.8 0 \n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .............\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py27_0\n",
" python: 2.7.9-1 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py27_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|############# | 12%\r",
"[sqlite ]|########################## | 25%\r",
"[tk ]|######################################## | 37%\r",
"[zlib ]|##################################################### | 50%\r",
"[python ]|################################################################## | 62%\r",
"[setuptools ]|################################################################################ | 75%\r",
"[pip ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py2a\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" _license: 1.1-py27_0 \n",
" abstract-rendering: 0.5.1-np19py27_0 \n",
" anaconda: 2.2.0-np19py27_0 \n",
" appscript: 1.0.1-py27_0 \n",
" argcomplete: 0.8.4-py27_0 \n",
" astropy: 1.0.1-np19py27_0 \n",
" bcolz: 0.8.1-np19py27_0 \n",
" beautiful-soup: 4.3.2-py27_0 \n",
" binstar: 0.10.1-py27_3 \n",
" bitarray: 0.8.1-py27_0 \n",
" blaze-core: 0.7.3-np19py27_0 \n",
" blz: 0.6.2-np19py27_0 \n",
" bokeh: 0.8.1-np19py27_1 \n",
" boto: 2.36.0-py27_0 \n",
" cdecimal: 2.3-py27_0 \n",
" certifi: 14.05.14-py27_0 \n",
" cffi: 0.9.2-py27_0 \n",
" clyent: 0.3.4-py27_0 \n",
" colorama: 0.3.3-py27_0 \n",
" configobj: 5.0.6-py27_0 \n",
" cryptography: 0.8-py27_0 \n",
" curl: 7.38.0-0 \n",
" cython: 0.22-py27_0 \n",
" cytoolz: 0.7.2-py27_0 \n",
" datashape: 0.4.4-np19py27_1 \n",
" decorator: 3.4.0-py27_0 \n",
" docutils: 0.12-py27_0 \n",
" dynd-python: 0.6.5-np19py27_0 \n",
" enum34: 1.0.4-py27_0 \n",
" fastcache: 1.0.2-py27_0 \n",
" flask: 0.10.1-py27_1 \n",
" freetype: 2.5.2-0 \n",
" funcsigs: 0.4-py27_0 \n",
" futures: 2.2.0-py27_0 \n",
" gevent: 1.0.1-py27_0 \n",
" gevent-websocket: 0.9.3-py27_0 \n",
" greenlet: 0.4.5-py27_0 \n",
" grin: 1.2.1-py27_1 \n",
" h5py: 2.4.0-np19py27_0 \n",
" hdf5: 1.8.14-0 \n",
" ipython: 3.0.0-py27_0 \n",
" ipython-notebook: 3.0.0-py27_1 \n",
" ipython-qtconsole: 3.0.0-py27_0 \n",
" itsdangerous: 0.24-py27_0 \n",
" jdcal: 1.0-py27_0 \n",
" jedi: 0.8.1-py27_0 \n",
" jinja2: 2.7.3-py27_1 \n",
" jpeg: 8d-1 \n",
" jsonschema: 2.4.0-py27_0 \n",
" launcher: 1.0.0-2 \n",
" libdynd: 0.6.5-0 \n",
" libpng: 1.5.13-1 \n",
" libsodium: 0.4.5-0 \n",
" libtiff: 4.0.2-1 \n",
" libxml2: 2.9.0-1 \n",
" libxslt: 1.1.28-2 \n",
" llvmlite: 0.2.2-py27_1 \n",
" lxml: 3.4.2-py27_0 \n",
" markupsafe: 0.23-py27_0 \n",
" matplotlib: 1.4.3-np19py27_1 \n",
" mistune: 0.5.1-py27_0 \n",
" mock: 1.0.1-py27_0 \n",
" multipledispatch: 0.4.7-py27_0 \n",
" networkx: 1.9.1-py27_0 \n",
" nltk: 3.0.2-np19py27_0 \n",
" node-webkit: 0.10.1-0 \n",
" nose: 1.3.4-py27_1 \n",
" numba: 0.17.0-np19py27_0\n",
" numexpr: 2.3.1-np19py27_0 \n",
" numpy: 1.9.2-py27_0 \n",
" odo: 0.3.1-np19py27_0 \n",
" openpyxl: 1.8.5-py27_0 \n",
" pandas: 0.15.2-np19py27_1\n",
" patsy: 0.3.0-np19py27_0 \n",
" pep8: 1.6.2-py27_0 \n",
" pillow: 2.7.0-py27_1 \n",
" ply: 3.4-py27_0 \n",
" psutil: 2.2.1-py27_0 \n",
" ptyprocess: 0.4-py27_0 \n",
" py: 1.4.26-py27_0 \n",
" pyasn1: 0.1.7-py27_0 \n",
" pyaudio: 0.2.7-py27_0 \n",
" pycosat: 0.6.1-py27_0 \n",
" pycparser: 2.10-py27_0 \n",
" pycrypto: 2.6.1-py27_0 \n",
" pycurl: 7.19.5.1-py27_0 \n",
" pyflakes: 0.8.1-py27_0 \n",
" pygments: 2.0.2-py27_0 \n",
" pyopenssl: 0.14-py27_0 \n",
" pyparsing: 2.0.3-py27_0 \n",
" pyqt: 4.11.3-py27_0 \n",
" pytables: 3.1.1-np19py27_2 \n",
" pytest: 2.6.4-py27_0 \n",
" python-dateutil: 2.4.1-py27_0 \n",
" python.app: 1.2-py27_3 \n",
" pytz: 2015.2-py27_0 \n",
" pyyaml: 3.11-py27_0 \n",
" pyzmq: 14.5.0-py27_0 \n",
" qt: 4.8.6-0 \n",
" redis: 2.6.9-0 \n",
" redis-py: 2.10.3-py27_0 \n",
" requests: 2.6.0-py27_0 \n",
" rope: 0.9.4-py27_1 \n",
" runipy: 0.1.3-py27_0 \n",
" scikit-image: 0.11.2-np19py27_0\n",
" scikit-learn: 0.15.2-np19py27_0\n",
" scipy: 0.15.1-np19py27_0\n",
" sip: 4.16.5-py27_0 \n",
" six: 1.9.0-py27_0 \n",
" sockjs-tornado: 1.0.1-py27_0 \n",
" sphinx: 1.2.3-py27_0 \n",
" spyder: 2.3.4-py27_1 \n",
" spyder-app: 2.3.4-py27_0 \n",
" sqlalchemy: 0.9.9-py27_0 \n",
" ssl_match_hostname: 3.4.0.2-py27_0 \n",
" statsmodels: 0.6.1-np19py27_0 \n",
" sympy: 0.7.6-py27_0 \n",
" terminado: 0.5-py27_0 \n",
" toolz: 0.7.1-py27_0 \n",
" tornado: 4.1-py27_0 \n",
" ujson: 1.33-py27_0 \n",
" unicodecsv: 0.9.4-py27_0 \n",
" werkzeug: 0.10.1-py27_0 \n",
" xlrd: 0.9.3-py27_0 \n",
" xlsxwriter: 0.6.7-py27_0 \n",
" xlwings: 0.3.4-py27_0 \n",
" xlwt: 0.7.5-py27_0 \n",
" yaml: 0.1.4-1 \n",
" zeromq: 4.0.4-0 \n",
"\n",
"The following packages will be DOWNGRADED:\n",
"\n",
" pip: 6.1.1-py27_0 --> 6.0.8-py27_0 \n",
" setuptools: 15.2-py27_0 --> 14.3-py27_0 \n",
"\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[pip ]| | 0%\r",
"[setuptools ]|##################################################### | 50%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[jpeg ]| | 0%\r",
"[libdynd ]| | 0%\r",
"[libpng ]|# | 1%\r",
"[libsodium ]|## | 2%\r",
"[node-webkit ]|### | 3%\r",
"[redis ]|#### | 3%\r",
"[yaml ]|#### | 4%\r",
"[curl ]|##### | 5%\r",
"[freetype ]|###### | 6%\r",
"[hdf5 ]|####### | 6%\r",
"[launcher ]|######## | 7%\r",
"[libtiff ]|######## | 8%\r",
"[libxml2 ]|######### | 9%\r",
"[zeromq ]|########## | 9%\r",
"[libxslt ]|########### | 10%\r",
"[qt ]|############ | 11%\r",
"[_license ]|############# | 12%\r",
"[appscript ]|############# | 12%\r",
"[beautiful-soup ]|############## | 13%\r",
"[bitarray ]|############### | 14%\r",
"[boto ]|################ | 15%\r",
"[cdecimal ]|################# | 16%\r",
"[certifi ]|################# | 16%\r",
"[clyent ]|################## | 17%\r",
"[colorama ]|################### | 18%\r",
"[cython ]|#################### | 19%\r",
"[cytoolz ]|##################### | 19%\r",
"[decorator ]|###################### | 20%\r",
"[docutils ]|###################### | 21%\r",
"[enum34 ]|####################### | 22%\r",
"[fastcache ]|######################## | 22%\r",
"[funcsigs ]|######################### | 23%\r",
"[futures ]|########################## | 24%\r",
"[greenlet ]|########################## | 25%\r",
"[gevent ]|########################### | 25%\r",
"[grin ]|############################ | 26%\r",
"[itsdangerous ]|############################# | 27%\r",
"[jdcal ]|############################## | 28%\r",
"[jedi ]|############################### | 29%\r",
"[jsonschema ]|############################### | 29%\r",
"[llvmlite ]|################################ | 30%\r",
"[lxml ]|################################# | 31%\r",
"[markupsafe ]|################################## | 32%\r",
"[mistune ]|################################### | 32%\r",
"[mock ]|################################### | 33%\r",
"[multipledispatch ]|#################################### | 34%\r",
"[networkx ]|##################################### | 35%\r",
"[nose ]|###################################### | 35%\r",
"[numpy ]|####################################### | 36%\r",
"[abstract-rendering ]|######################################## | 37%\r",
"[astropy ]|######################################## | 38%\r",
"[bcolz ]|######################################### | 38%\r",
"[dynd-python ]|########################################## | 39%\r",
"[h5py ]|########################################### | 40%\r",
"[numba ]|############################################ | 41%\r",
"[numexpr ]|############################################ | 41%\r",
"[blz ]|############################################# | 42%\r",
"[openpyxl ]|############################################## | 43%\r",
"[pep8 ]|############################################### | 44%\r",
"[pillow ]|################################################ | 45%\r",
"[ply ]|################################################# | 45%\r",
"[psutil ]|################################################# | 46%\r",
"[ptyprocess ]|################################################## | 47%\r",
"[py ]|################################################### | 48%\r",
"[pyasn1 ]|#################################################### | 48%\r",
"[pyaudio ]|##################################################### | 49%\r",
"[pycosat ]|##################################################### | 50%\r",
"[pycparser ]|###################################################### | 51%\r",
"[cffi ]|####################################################### | 51%\r",
"[pycrypto ]|######################################################## | 52%\r",
"[pycurl ]|######################################################### | 53%\r",
"[pyflakes ]|######################################################### | 54%\r",
"[pygments ]|########################################################## | 54%\r",
"[pyparsing ]|########################################################### | 55%\r",
"[pytables ]|############################################################ | 56%\r",
"[pytest ]|############################################################# | 57%\r",
"[python.app ]|############################################################## | 58%\r",
"[pytz ]|############################################################## | 58%\r",
"[pyyaml ]|############################################################### | 59%\r",
"[pyzmq ]|################################################################ | 60%\r",
"[redis-py ]|################################################################# | 61%\r",
"[requests ]|################################################################## | 61%\r",
"[rope ]|################################################################## | 62%\r",
"[scipy ]|################################################################### | 63%\r",
"[setuptools ]|#################################################################### | 64%\r",
"[sip ]|##################################################################### | 64%\r",
"[six ]|###################################################################### | 65%\r",
"[sqlalchemy ]|####################################################################### | 66%\r",
"[ssl_match_hostname ]|####################################################################### | 67%\r",
"[sympy ]|######################################################################## | 67%\r",
"[toolz ]|######################################################################### | 68%\r",
"[ujson ]|########################################################################## | 69%\r",
"[unicodecsv ]|########################################################################### | 70%\r",
"[werkzeug ]|########################################################################### | 70%\r",
"[xlrd ]|############################################################################ | 71%\r",
"[xlsxwriter ]|############################################################################# | 72%\r",
"[xlwt ]|############################################################################## | 73%\r",
"[argcomplete ]|############################################################################### | 74%\r",
"[configobj ]|################################################################################ | 74%\r",
"[cryptography ]|################################################################################ | 75%\r",
"[gevent-websocket ]|################################################################################# | 76%\r",
"[ipython ]|################################################################################## | 77%\r",
"[jinja2 ]|################################################################################### | 77%\r",
"[nltk ]|#################################################################################### | 78%\r",
"[patsy ]|#################################################################################### | 79%\r",
"[pip ]|##################################################################################### | 80%\r",
"[pyqt ]|###################################################################################### | 80%\r",
"[python-dateutil ]|####################################################################################### | 81%\r",
"[scikit-learn ]|######################################################################################## | 82%\r",
"[tornado ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[xlwings ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[binstar ]|########################################################################################## | 84%\r",
"[datashape ]|########################################################################################### | 85%\r",
"[flask ]|############################################################################################ | 86%\r",
"[ipython-qtconsole ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[matplotlib ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[pandas ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[pyopenssl ]|############################################################################################### | 89%\r",
"[sockjs-tornado ]|################################################################################################ | 90%\r",
"[sphinx ]|################################################################################################# | 90%\r",
"[terminado ]|################################################################################################## | 91%\r",
"[bokeh ]|################################################################################################## | 92%\r",
"[ipython-notebook ]|################################################################################################### | 93%\r",
"[odo ]|#################################################################################################### | 93%\r",
"[scikit-image ]|##################################################################################################### | 94%\r",
"[spyder ]|###################################################################################################### | 95%\r",
"[statsmodels ]|###################################################################################################### | 96%\r",
"[blaze-core ]|####################################################################################################### | 96%\r",
"[runipy ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[spyder-app ]|######################################################################################################### | 98%\r",
"[anaconda ]|########################################################################################################## | 99%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" alabaster: 0.7.3-py27_0 \n",
" babel: 1.3-py27_0 \n",
" snowballstemmer: 1.2.0-py27_0 \n",
" sphinx_rtd_theme: 0.1.7-py27_0 \n",
"\n",
"The following packages will be UPDATED:\n",
"\n",
" astropy: 1.0.1-np19py27_0 --> 1.0.2-np19py27_0 \n",
" binstar: 0.10.1-py27_3 --> 0.10.3-py27_0 \n",
" blaze-core: 0.7.3-np19py27_0 --> 0.8.0-np19py27_0 \n",
" bokeh: 0.8.1-np19py27_1 --> 0.8.2-np19py27_0 \n",
" boto: 2.36.0-py27_0 --> 2.38.0-py27_0 \n",
" cryptography: 0.8-py27_0 --> 0.8.2-py27_1 \n",
" datashape: 0.4.4-np19py27_1 --> 0.4.5-np19py27_0 \n",
" freetype: 2.5.2-0 --> 2.5.2-1 \n",
" futures: 2.2.0-py27_0 --> 3.0.2-py27_0 \n",
" greenlet: 0.4.5-py27_0 --> 0.4.6-py27_0 \n",
" h5py: 2.4.0-np19py27_0 --> 2.5.0-np19py27_0 \n",
" ipython: 3.0.0-py27_0 --> 3.1.0-py27_0 \n",
" ipython-notebook: 3.0.0-py27_1 --> 3.1.0-py27_1 \n",
" ipython-qtconsole: 3.0.0-py27_0 --> 3.1.0-py27_0 \n",
" llvmlite: 0.2.2-py27_1 --> 0.4.0-py27_0 \n",
" lxml: 3.4.2-py27_0 --> 3.4.4-py27_0 \n",
" mistune: 0.5.1-py27_0 --> 0.5.1-py27_1 \n",
" nose: 1.3.4-py27_1 --> 1.3.6-py27_0 \n",
" numba: 0.17.0-np19py27_0 --> 0.18.2-np19py27_1\n",
" odo: 0.3.1-np19py27_0 --> 0.3.2-np19py27_0 \n",
" openpyxl: 1.8.5-py27_0 --> 2.0.2-py27_0 \n",
" pandas: 0.15.2-np19py27_1 --> 0.16.1-np19py27_0\n",
" pip: 6.0.8-py27_0 --> 6.1.1-py27_0 \n",
" ply: 3.4-py27_0 --> 3.6-py27_0 \n",
" pycparser: 2.10-py27_0 --> 2.12-py27_0 \n",
" pyopenssl: 0.14-py27_0 --> 0.15.1-py27_0 \n",
" pytest: 2.6.4-py27_0 --> 2.7.0-py27_0 \n",
" python-dateutil: 2.4.1-py27_0 --> 2.4.2-py27_0 \n",
" pytz: 2015.2-py27_0 --> 2015.4-py27_0 \n",
" pyzmq: 14.5.0-py27_0 --> 14.6.0-py27_0 \n",
" qt: 4.8.6-0 --> 4.8.6-2 \n",
" requests: 2.6.0-py27_0 --> 2.7.0-py27_0 \n",
" scikit-image: 0.11.2-np19py27_0 --> 0.11.3-np19py27_0\n",
" scikit-learn: 0.15.2-np19py27_0 --> 0.16.1-np19py27_0\n",
" setuptools: 14.3-py27_0 --> 15.2-py27_0 \n",
" sphinx: 1.2.3-py27_0 --> 1.3.1-py27_0 \n",
" sqlalchemy: 0.9.9-py27_0 --> 1.0.4-py27_0 \n",
" toolz: 0.7.1-py27_0 --> 0.7.2-py27_0 \n",
" werkzeug: 0.10.1-py27_0 --> 0.10.4-py27_0 \n",
" xlsxwriter: 0.6.7-py27_0 --> 0.7.2-py27_0 \n",
" xlwings: 0.3.4-py27_0 --> 0.3.5-py27_0 \n",
" xlwt: 0.7.5-py27_0 --> 1.0.0-py27_0 \n",
" zeromq: 4.0.4-0 --> 4.0.5-0 \n",
"\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[astropy ]| | 0%\r",
"[binstar ]|## | 2%\r",
"[blaze-core ]|#### | 4%\r",
"[bokeh ]|####### | 6%\r",
"[boto ]|######### | 9%\r",
"[cryptography ]|############ | 11%\r",
"[datashape ]|############## | 13%\r",
"[freetype ]|################# | 16%\r",
"[futures ]|################### | 18%\r",
"[greenlet ]|###################### | 20%\r",
"[h5py ]|######################## | 23%\r",
"[ipython ]|########################### | 25%\r",
"[ipython-notebook ]|############################# | 27%\r",
"[ipython-qtconsole ]|################################ | 30%\r",
"[llvmlite ]|################################## | 32%\r",
"[lxml ]|##################################### | 34%\r",
"[mistune ]|####################################### | 37%\r",
"[nose ]|########################################## | 39%\r",
"[numba ]|############################################ | 41%\r",
"[odo ]|############################################### | 44%\r",
"[openpyxl ]|################################################# | 46%\r",
"[pandas ]|#################################################### | 48%\r",
"[pip ]|###################################################### | 51%\r",
"[ply ]|######################################################### | 53%\r",
"[pycparser ]|########################################################### | 55%\r",
"[pyopenssl ]|############################################################## | 58%\r",
"[pytest ]|################################################################ | 60%\r",
"[python-dateutil ]|################################################################### | 62%\r",
"[pytz ]|##################################################################### | 65%\r",
"[pyzmq ]|######################################################################## | 67%\r",
"[qt ]|########################################################################## | 69%\r",
"[requests ]|############################################################################# | 72%\r",
"[scikit-image ]|############################################################################### | 74%\r",
"[scikit-learn ]|################################################################################## | 76%\r",
"[setuptools ]|#################################################################################### | 79%\r",
"[sphinx ]|####################################################################################### | 81%\r",
"[sqlalchemy ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[toolz ]|############################################################################################ | 86%\r",
"[werkzeug ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[xlsxwriter ]|################################################################################################# | 90%\r",
"[xlwings ]|################################################################################################### | 93%\r",
"[xlwt ]|###################################################################################################### | 95%\r",
"[zeromq ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[freetype ]| | 0%\r",
"[freetype ]| | 0%\r",
"[zeromq ]|## | 2%\r",
"[qt ]|#### | 4%\r",
"[alabaster ]|###### | 6%\r",
"[boto ]|######### | 8%\r",
"[futures ]|########### | 10%\r",
"[greenlet ]|############# | 12%\r",
"[llvmlite ]|############### | 14%\r",
"[lxml ]|################## | 17%\r",
"[mistune ]|#################### | 19%\r",
"[nose ]|###################### | 21%\r",
"[astropy ]|######################### | 23%\r",
"[numba ]|########################### | 25%\r",
"[openpyxl ]|############################# | 27%\r",
"[ply ]|############################### | 29%\r",
"[pycparser ]|################################## | 31%\r",
"[pytest ]|#################################### | 34%\r",
"[pytz ]|###################################### | 36%\r",
"[pyzmq ]|######################################## | 38%\r",
"[requests ]|########################################### | 40%\r",
"[setuptools ]|############################################# | 42%\r",
"[snowballstemmer ]|############################################### | 44%\r",
"[sphinx_rtd_theme ]|################################################## | 46%\r",
"[sqlalchemy ]|#################################################### | 48%\r",
"[toolz ]|###################################################### | 51%\r",
"[werkzeug ]|######################################################## | 53%\r",
"[xlsxwriter ]|########################################################### | 55%\r",
"[xlwt ]|############################################################# | 57%\r",
"[babel ]|############################################################### | 59%\r",
"[cryptography ]|################################################################## | 61%\r",
"[h5py ]|#################################################################### | 63%\r",
"[ipython ]|###################################################################### | 65%\r",
"[pip ]|######################################################################## | 68%\r",
"[python-dateutil ]|########################################################################### | 70%\r",
"[scikit-learn ]|############################################################################# | 72%\r",
"[xlwings ]|############################################################################### | 74%\r",
"[binstar ]|################################################################################# | 76%\r",
"[datashape ]|#################################################################################### | 78%\r",
"[ipython-qtconsole ]|###################################################################################### | 80%\r",
"[pandas ]|######################################################################################## | 82%\r",
"[pyopenssl ]|########################################################################################### | 85%\r",
"[sphinx ]|############################################################################################# | 87%\r",
"[bokeh ]|############################################################################################### | 89%\r",
"[ipython-notebook ]|################################################################################################# | 91%\r",
"[odo ]|#################################################################################################### | 93%\r",
"[scikit-image ]|###################################################################################################### | 95%\r",
"[blaze-core ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .............\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py3a:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" openssl: 1.0.1k-1 \n",
" pip: 6.1.1-py34_0\n",
" python: 3.4.3-0 \n",
" readline: 6.2-2 \n",
" setuptools: 15.2-py34_0 \n",
" sqlite: 3.8.4.1-1 \n",
" tk: 8.5.18-0 \n",
" xz: 5.0.5-0 \n",
" zlib: 1.2.8-0 \n",
"\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[readline ]|########### | 11%\r",
"[sqlite ]|####################### | 22%\r",
"[tk ]|################################### | 33%\r",
"[xz ]|############################################### | 44%\r",
"[zlib ]|########################################################### | 55%\r",
"[python ]|####################################################################### | 66%\r",
"[setuptools ]|################################################################################### | 77%\r",
"[pip ]|############################################################################################### | 88%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate py3a\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda/envs/py2a:\n",
"\n",
"The following packages will be DOWNGRADED:\n",
"\n",
" astropy: 1.0.2-np19py27_0 --> 1.0.1-np19py27_0 \n",
" binstar: 0.10.3-py27_0 --> 0.10.1-py27_3 \n",
" blaze-core: 0.8.0-np19py27_0 --> 0.7.3-np19py27_0 \n",
" bokeh: 0.8.2-np19py27_0 --> 0.8.1-np19py27_1 \n",
" boto: 2.38.0-py27_0 --> 2.36.0-py27_0 \n",
" cryptography: 0.8.2-py27_1 --> 0.8-py27_0 \n",
" datashape: 0.4.5-np19py27_0 --> 0.4.4-np19py27_1 \n",
" freetype: 2.5.2-1 --> 2.5.2-0 \n",
" futures: 3.0.2-py27_0 --> 2.2.0-py27_0 \n",
" greenlet: 0.4.6-py27_0 --> 0.4.5-py27_0 \n",
" h5py: 2.5.0-np19py27_0 --> 2.4.0-np19py27_0 \n",
" ipython: 3.1.0-py27_0 --> 3.0.0-py27_0 \n",
" ipython-notebook: 3.1.0-py27_1 --> 3.0.0-py27_1 \n",
" ipython-qtconsole: 3.1.0-py27_0 --> 3.0.0-py27_0 \n",
" llvmlite: 0.4.0-py27_0 --> 0.2.2-py27_1 \n",
" lxml: 3.4.4-py27_0 --> 3.4.2-py27_0 \n",
" mistune: 0.5.1-py27_1 --> 0.5.1-py27_0 \n",
" nose: 1.3.6-py27_0 --> 1.3.4-py27_1 \n",
" numba: 0.18.2-np19py27_1 --> 0.17.0-np19py27_0\n",
" odo: 0.3.2-np19py27_0 --> 0.3.1-np19py27_0 \n",
" openpyxl: 2.0.2-py27_0 --> 1.8.5-py27_0 \n",
" pandas: 0.16.1-np19py27_0 --> 0.15.2-np19py27_1\n",
" pip: 6.1.1-py27_0 --> 6.0.8-py27_0 \n",
" ply: 3.6-py27_0 --> 3.4-py27_0 \n",
" pycparser: 2.12-py27_0 --> 2.10-py27_0 \n",
" pyopenssl: 0.15.1-py27_0 --> 0.14-py27_0 \n",
" pytest: 2.7.0-py27_0 --> 2.6.4-py27_0 \n",
" python-dateutil: 2.4.2-py27_0 --> 2.4.1-py27_0 \n",
" pytz: 2015.4-py27_0 --> 2015.2-py27_0 \n",
" pyzmq: 14.6.0-py27_0 --> 14.5.0-py27_0 \n",
" qt: 4.8.6-2 --> 4.8.6-0 \n",
" requests: 2.7.0-py27_0 --> 2.6.0-py27_0 \n",
" scikit-image: 0.11.3-np19py27_0 --> 0.11.2-np19py27_0\n",
" scikit-learn: 0.16.1-np19py27_0 --> 0.15.2-np19py27_0\n",
" setuptools: 15.2-py27_0 --> 14.3-py27_0 \n",
" sphinx: 1.3.1-py27_0 --> 1.2.3-py27_0 \n",
" sqlalchemy: 1.0.4-py27_0 --> 0.9.9-py27_0 \n",
" toolz: 0.7.2-py27_0 --> 0.7.1-py27_0 \n",
" werkzeug: 0.10.4-py27_0 --> 0.10.1-py27_0 \n",
" xlsxwriter: 0.7.2-py27_0 --> 0.6.7-py27_0 \n",
" xlwings: 0.3.5-py27_0 --> 0.3.4-py27_0 \n",
" xlwt: 1.0.0-py27_0 --> 0.7.5-py27_0 \n",
" zeromq: 4.0.5-0 --> 4.0.4-0 \n",
"\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[astropy ]| | 0%\r",
"[binstar ]|## | 2%\r",
"[blaze-core ]|#### | 4%\r",
"[bokeh ]|####### | 6%\r",
"[boto ]|######### | 9%\r",
"[cryptography ]|############ | 11%\r",
"[datashape ]|############## | 13%\r",
"[freetype ]|################# | 16%\r",
"[futures ]|################### | 18%\r",
"[greenlet ]|###################### | 20%\r",
"[h5py ]|######################## | 23%\r",
"[ipython ]|########################### | 25%\r",
"[ipython-notebook ]|############################# | 27%\r",
"[ipython-qtconsole ]|################################ | 30%\r",
"[llvmlite ]|################################## | 32%\r",
"[lxml ]|##################################### | 34%\r",
"[mistune ]|####################################### | 37%\r",
"[nose ]|########################################## | 39%\r",
"[numba ]|############################################ | 41%\r",
"[odo ]|############################################### | 44%\r",
"[openpyxl ]|################################################# | 46%\r",
"[pandas ]|#################################################### | 48%\r",
"[pip ]|###################################################### | 51%\r",
"[ply ]|######################################################### | 53%\r",
"[pycparser ]|########################################################### | 55%\r",
"[pyopenssl ]|############################################################## | 58%\r",
"[pytest ]|################################################################ | 60%\r",
"[python-dateutil ]|################################################################### | 62%\r",
"[pytz ]|##################################################################### | 65%\r",
"[pyzmq ]|######################################################################## | 67%\r",
"[qt ]|########################################################################## | 69%\r",
"[requests ]|############################################################################# | 72%\r",
"[scikit-image ]|############################################################################### | 74%\r",
"[scikit-learn ]|################################################################################## | 76%\r",
"[setuptools ]|#################################################################################### | 79%\r",
"[sphinx ]|####################################################################################### | 81%\r",
"[sqlalchemy ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[toolz ]|############################################################################################ | 86%\r",
"[werkzeug ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[xlsxwriter ]|################################################################################################# | 90%\r",
"[xlwings ]|################################################################################################### | 93%\r",
"[xlwt ]|###################################################################################################### | 95%\r",
"[zeromq ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[freetype ]| | 0%\r",
"[freetype ]| | 0%\r",
"[zeromq ]|## | 2%\r",
"[qt ]|#### | 4%\r",
"[boto ]|####### | 6%\r",
"[futures ]|######### | 9%\r",
"[greenlet ]|############ | 11%\r",
"[llvmlite ]|############## | 13%\r",
"[lxml ]|################# | 16%\r",
"[mistune ]|################### | 18%\r",
"[nose ]|###################### | 20%\r",
"[astropy ]|######################## | 23%\r",
"[h5py ]|########################### | 25%\r",
"[numba ]|############################# | 27%\r",
"[openpyxl ]|################################ | 30%\r",
"[ply ]|################################## | 32%\r",
"[pycparser ]|##################################### | 34%\r",
"[pytest ]|####################################### | 37%\r",
"[pytz ]|########################################## | 39%\r",
"[pyzmq ]|############################################ | 41%\r",
"[requests ]|############################################### | 44%\r",
"[setuptools ]|################################################# | 46%\r",
"[sqlalchemy ]|#################################################### | 48%\r",
"[toolz ]|###################################################### | 51%\r",
"[werkzeug ]|######################################################### | 53%\r",
"[xlsxwriter ]|########################################################### | 55%\r",
"[xlwt ]|############################################################## | 58%\r",
"[cryptography ]|################################################################ | 60%\r",
"[ipython ]|################################################################### | 62%\r",
"[pip ]|##################################################################### | 65%\r",
"[python-dateutil ]|######################################################################## | 67%\r",
"[scikit-learn ]|########################################################################## | 69%\r",
"[xlwings ]|############################################################################# | 72%\r",
"[binstar ]|############################################################################### | 74%\r",
"[datashape ]|################################################################################## | 76%\r",
"[ipython-qtconsole ]|#################################################################################### | 79%\r",
"[pandas ]|####################################################################################### | 81%\r",
"[pyopenssl ]|######################################################################################### | 83%\r",
"[sphinx ]|############################################################################################ | 86%\r",
"[bokeh ]|############################################################################################## | 88%\r",
"[ipython-notebook ]|################################################################################################# | 90%\r",
"[odo ]|################################################################################################### | 93%\r",
"[scikit-image ]|###################################################################################################### | 95%\r",
"[blaze-core ]|######################################################################################################## | 97%\r",
"[ COMPLETE ]|###########################################################################################################| 100%\r\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"# All requested packages already installed.\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda/envs/py3a:\n",
"#\n",
"openssl 1.0.1k 1 \n",
"pip 6.1.1 py34_0 \n",
"python 3.4.3 0 \n",
"readline 6.2 2 \n",
"setuptools 15.2 py34_0 \n",
"sqlite 3.8.4.1 1 \n",
"tk 8.5.18 0 \n",
"xz 5.0.5 0 \n",
"zlib 1.2.8 0 \n"
]
},
{
"name": "stderr",
"output_type": "stream",
"text": [
"Error: No packages found in current osx-64 channels matching: python 3.5*\n",
"\n",
"Did you mean one of these?\n",
"\n",
" python\n",
"\n",
"You can search for this package on Binstar with\n",
"\n",
" binstar search -t conda python 3.5*\n",
"\n",
"You may need to install the Binstar command line client with\n",
"\n",
" conda install binstar\n",
"Error: No packages found in current osx-64 channels matching: python 3.5*\n",
"\n",
"Did you mean one of these?\n",
"\n",
" python\n",
"\n",
"You can search for this package on Binstar with\n",
"\n",
" binstar search -t conda python 3.5*\n",
"\n",
"You may need to install the Binstar command line client with\n",
"\n",
" conda install binstar\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"for n in py2.6 py2.7 py3.3 py3.4 py3.5 py2.6a py2.7a py3.3a py3.4a py3.5a py2 py3 py2a py3a; do\n",
" conda env remove -y -n $n 2> /dev/null\n",
"done\n",
"conda create -y -n py2.6 python=2.6 --no-default-packages\n",
"conda create -y -n py2.7 python=2.7 --no-default-packages\n",
"conda create -y -n py3.3 python=3.3 --no-default-packages\n",
"conda create -y -n py3.4 python=3.4 --no-default-packages\n",
"conda create -y -n py3.5 python=3.5 --no-default-packages\n",
"conda create -y -n py2.6a python=2.6 anaconda\n",
"conda create -y -n py2.7a python=2.7 anaconda\n",
"conda create -y -n py3.3a python=3.3 anaconda\n",
"conda create -y -n py3.4a python=3.4 anaconda\n",
"conda create -y -n py3.5a python=3.5 anaconda\n",
"conda create -y -n py2 python=2 --no-default-packages # Latest py2\n",
"conda update -y -n py2 --all\n",
"conda create -y -n py3 python=3 --no-default-packages # Latest py3\n",
"conda update -y -n py3 --all\n",
"conda create -y -n py2a python=2 # Latest py2 with anaconda\n",
"conda install -y -n py2a anaconda\n",
"conda update -y -n py2a --all\n",
"conda create -y -n py3a python=3 anaconda # Latest py3 with anaconda\n",
"conda install -y -n py2a anaconda\n",
"conda update -y -n py3a --all"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"If I want to test against a clean environment, I make a clone:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 25,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"src_prefix: '/data/apps/anaconda/1.3.1/envs/py2.6'\n",
"dst_prefix: '/Users/mforbes/current/blog/Nikola/mmfblog/posts/_envs/py2.6'\n",
"Packages: 8\n",
"Files: 0\n",
"Fetching package metadata: ..........\n",
"Linking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[python ]| | 0%\r",
"[sqlite ]|###### | 12%\r",
"[openssl ]|############ | 25%\r",
"[setuptools ]|################## | 37%\r",
"[readline ]|######################### | 50%\r",
"[zlib ]|############################### | 62%\r",
"[pip ]|##################################### | 75%\r",
"[tk ]|########################################### | 87%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"#\n",
"# To activate this environment, use:\n",
"# $ source activate /Users/mforbes/current/blog/Nikola/mmfblog/posts/_envs/py2.6\n",
"#\n",
"# To deactivate this environment, use:\n",
"# $ source deactivate\n",
"#\n"
]
},
{
"name": "stderr",
"output_type": "stream",
"text": [
"discarding /data/apps/anaconda/1.3.1/bin from PATH\n",
"prepending /Users/mforbes/current/blog/Nikola/mmfblog/posts/_envs/py2.6/bin to PATH\n",
"discarding /Users/mforbes/current/blog/Nikola/mmfblog/posts/_envs/py2.6/bin from PATH\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
"conda create -m -p _envs/py2.6 --clone py2.6\n",
". activate _envs/py2.6\n",
". deactivate\n",
"rm -rf _envs"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Jupyter"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I install Jupyter into it's own environment and then use the following alias to launch it. This allows me to launch it in any environment without having to install it. To use those environments as their own kernel, make sure you include the `ipykernel` package **in the environment** and then the `nb_conda` package **in the jupyter environment**.\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda env create --file environment.jupyter.yml\n",
"```\n",
"\n",
"Sometimes I have difficulty getting extensions working. The following may help:\n",
"\n",
"\n",
"```bash\n",
"jupyter serverextension enable --sys-prefix jupyter_nbextensions_configurator nb_conda\n",
"jupyter nbextension enable --sys-prefix toc2/main init_cell/main\n",
"jupyter serverextension disable --sys-prefix nbpresent\n",
"jupyter nbextension disable --sys-prefix nbpresent/js/nbpresent.min\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"```yaml\n",
"# environment.jupyter.yml\n",
"name: jupyter\n",
"description: |\n",
" Environment for running Jupyter, Jupyter notebooks, Jupyter Lab\n",
" etc. This environment includes the following packages:\n",
" \n",
" * `nb_conda`: This enables Jupyter to local conda-installed\n",
" environments. To use this, make sure you install the `ipykernel`\n",
" package in your conda environments.\n",
" * `jupytext`: Allows you to store Jupyter notebooks as text files\n",
" (.py) for better version control. To enable this for a notebook,\n",
" you can run:\n",
" \n",
" jupytext --set-formats ipynb,py --sync notebook.ipynb\n",
" \n",
" * `rise`: Allows you to use your notebooks for presentations.\n",
"channels:\n",
" - defaults\n",
" - conda-forge\n",
"dependencies:\n",
" - python=3\n",
" - nb_conda\n",
" - jupyter_contrib_nbextensions\n",
" - jupyter_nbextensions_configurator\n",
" - ipyparallel\n",
" - nbbrowserpdf\n",
" - nbdime\n",
" - nbstripout\n",
" - jupyterlab\n",
" - nbdime\n",
" - rise\n",
" - jupytext\n",
"\n",
" # VisPy\n",
" #- ipywidgets\n",
" #- vispy\n",
" #- npm\n",
" #- pip\n",
" #- pip:\n",
" # - git+git@github.com:vispy/vispy.git#egg=vispy\n",
"\n",
"\n",
" # matplotlib\n",
" #- ipympl\n",
" \n",
"\n",
" # jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension\n",
" # jupyter nbextension enable --py vispy\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"```bash\n",
"# ~/.environment_site which is sourced by ~/.bashrc\n",
"...\n",
"\n",
"# New way of activating conda: Use your install location\n",
". /data/apps/anaconda/etc/profile.d/conda.sh\n",
"conda activate # Optional - activates the base environment.\n",
"\n",
"function j { \n",
" if [ -f './jupyter_notebook_config.py' ]; then\n",
" CONFIG_FLAG=\"--config=./jupyter_notebook_config.py\";\n",
" else\n",
" if [ -f \"$(hg root)/jupyter_notebook_config.py\" ]; then\n",
" CONFIG_FLAG=\"--config=$(hg root)/jupyter_notebook_config.py\";\n",
" else\n",
" CONFIG_FLAG=\"\";\n",
" fi;\n",
" fi;\n",
" echo \"conda activate jupyter\";\n",
" conda activate jupyter;\n",
" echo \"jupyter notebook ${CONFIG_FLAG} $*\";\n",
" #unset BASH_ENV module ml;\n",
" jupyter notebook \"${CONFIG_FLAG}\" \"$*\";\n",
" conda deactivate\n",
"}\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### Configuration"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"To see where Jupyter configuration files go, run"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 9,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"config:\n",
" /Users/mforbes/.jupyter\n",
" /data/apps/anaconda/envs/jupyter/etc/jupyter\n",
" /usr/local/etc/jupyter\n",
" /etc/jupyter\n",
"data:\n",
" /Users/mforbes/Library/Jupyter\n",
" /data/apps/anaconda/envs/jupyter/share/jupyter\n",
" /usr/local/share/jupyter\n",
" /usr/share/jupyter\n",
"runtime:\n",
" /Users/mforbes/Library/Jupyter/runtime\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". activate jupyter\n",
"jupyter --paths"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I add the following kernel so I can seamlessly match with CoCalc.\n",
"\n",
"```json\n",
"# ~/Library/Jupyter/kernels/python2-ubuntu/kernel.json\n",
"{\n",
" \"display_name\": \"Python 2 (Ubuntu, plain)\",\n",
" \"argv\": [\n",
" \"/data/apps/anaconda/envs/work/bin/python\",\n",
" \"-m\",\n",
" \"ipykernel\",\n",
" \"-f\",\n",
" \"{connection_file}\"\n",
" ],\n",
" \"language\": \"python\"\n",
"}\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Anaconda Cloud"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Once you have useful environments, you can push them to [Anaconda Cloud](https://anaconda.org) so that you or others can use them:\n",
"\n",
"```bash\n",
"anaconda login # If you have not logged in.\n",
"anaconda upload environment.work.yml\n",
"```\n",
"\n",
"Once this is done, you can install the environment with one of:\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda env create mforbes/work \n",
"mamba env create mforbes/work # Faster, but experimental\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Clean"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"The Conda package cache can help speed the creation of new environments, but can take up quite a bit of disk space. One can reclaim this with ``conda clean``:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 20,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Cache location: /data/apps/anaconda/1.3.1/pkgs\n",
"Will remove the following packages:\n",
"\n",
"_license-1.1-py27_0 231 KB\n",
"accelerate-1.0.1-np17py27_p0 9 KB\n",
"accelerate-1.5.1-np18py27_p0 9 KB\n",
"anaconda-2.1.0-np19py27_0 11 KB\n",
"anaconda-2.2.0-np19py26_0 10 KB\n",
"anaconda-2.2.0-np19py27_0 11 KB\n",
"argcomplete-0.8.1-py27_0 103 KB\n",
"astropy-0.2.3-np17py27_0 12.9 MB\n",
"astropy-0.2.5-np17py33_0 13.6 MB\n",
"astropy-0.3.2-np18py27_0 19.7 MB\n",
"atom-0.2.3-py27_0 350 KB\n",
"beautiful-soup-4.3.1-py33_0 658 KB\n",
"binstar-0.1.1-py27_0 142 KB\n",
"binstar-0.5.3-py27_0 342 KB\n",
"biopython-1.61-np17py27_0 10.4 MB\n",
"bitarray-0.8.1-py33_0 266 KB\n",
"blaze-0.5.0-np18py27_1 1.3 MB\n",
"blz-0.6.2-np18py27_0 1.4 MB\n",
"bokeh-0.4.4-np18py27_1 24.9 MB\n",
"boto-2.28.0-py27_0 8.0 MB\n",
"boto-2.9.6-py27_0 6.2 MB\n",
"cdecimal-2.3-py26_0 462 KB\n",
"cdecimal-2.3-py27_0 462 KB\n",
"cffi-0.8-py27_0 479 KB\n",
"chaco-4.2.1.dev-np17py27_0 21.2 MB\n",
"colorama-0.2.7-py33_0 59 KB\n",
"conda-3.5.5-py27_0 604 KB\n",
"conda-3.7.0-py27_0 701 KB\n",
"conda-3.7.1-py27_0 705 KB\n",
"conda-3.7.3-py27_0 710 KB\n",
"conda-3.7.4-py27_0 727 KB\n",
"conda-3.8.3-py27_0 739 KB\n",
"conda-3.8.4-py27_0 743 KB\n",
"conda-3.9.1-py27_0 748 KB\n",
"conda-env-2.0.1-py27_0 58 KB\n",
"conda-env-2.1.0-py27_0 57 KB\n",
"conda-env-2.1.2-py27_0 58 KB\n",
"conda-env-2.1.3-py27_0 58 KB\n",
"configobj-5.0.6-py26_0 255 KB\n",
"configobj-5.0.6-py27_0 254 KB\n",
"cubes-0.10.2-py27_2 636 KB\n",
"cudatoolkit-6.0-p0 228.2 MB\n",
"curl-7.30.0-0 1.7 MB\n",
"cython-0.19.1-py27_0 8.0 MB\n",
"cython-0.19.2-py33_0 9.0 MB\n",
"cython-0.20.1-py27_0 9.0 MB\n",
"datashape-0.2.0-np18py27_1 404 KB\n",
"dateutil-2.1-py27_1 334 KB\n",
"dateutil-2.1-py33_2 358 KB\n",
"decorator-3.4.0-py26_0 24 KB\n",
"decorator-3.4.0-py27_0 23 KB\n",
"distribute-0.6.45-py27_0 1.8 MB\n",
"distribute-0.6.45-py33_0 1.9 MB\n",
"docutils-0.10-py27_0 3.1 MB\n",
"docutils-0.11-py33_0 3.5 MB\n",
"dulwich-0.9.7-py27_0 2.3 MB\n",
"dynd-python-0.3.0-np17py27_0 846 KB\n",
"dynd-python-0.5.0-np17py33_0 959 KB\n",
"dynd-python-0.6.2-np18py27_0 1.4 MB\n",
"enable-4.3.0-np18py27_2 6.8 MB\n",
"enaml-0.7.6-py27_0 5.7 MB\n",
"enaml-0.9.1-py27_1 6.9 MB\n",
"flake8-2.1.0-py27_0 60 KB\n",
"flake8-2.3.0-py27_0 93 KB\n",
"flask-0.10.1-py27_0 818 KB\n",
"flask-0.10.1-py33_1 943 KB\n",
"future-0.12.1-py27_0 4.1 MB\n",
"gdata-2.0.17-py27_0 5.1 MB\n",
"gevent-0.13.8-py27_0 807 KB\n",
"gevent-websocket-0.3.6-py27_2 51 KB\n",
"gevent_zeromq-0.2.5-py27_2 136 KB\n",
"greenlet-0.4.1-py27_0 37 KB\n",
"greenlet-0.4.1-py33_0 37 KB\n",
"h5py-2.1.1-np17py27_0 4.8 MB\n",
"h5py-2.3.0-np18py27_0 3.4 MB\n",
"hdf5-1.8.13-0 5.2 MB\n",
"hdf5-1.8.9-0 5.1 MB\n",
"hdf5-1.8.9-1 5.1 MB\n",
"ipython-1.1.0-py27_0 13.2 MB\n",
"ipython-1.1.0-py33_0 14.2 MB\n",
"ipython-2.2.0-py27_1 12.5 MB\n",
"ipython-2.3.0-py27_0 12.5 MB\n",
"ipython-2.3.1-py27_0 12.5 MB\n",
"ipython-notebook-0.13.2-py27_0 974 B\n",
"ipython-notebook-2.2.0-py27_0 5 KB\n",
"ipython-notebook-2.3.1-py27_0 5 KB\n",
"ipython-qtconsole-2.2.0-py27_0 4 KB\n",
"ipython-qtconsole-3.0.0-py27_0 4 KB\n",
"itsdangerous-0.23-py33_0 74 KB\n",
"itsdangerous-0.24-py26_0 68 KB\n",
"itsdangerous-0.24-py27_0 68 KB\n",
"jdcal-1.0-py26_0 37 KB\n",
"jdcal-1.0-py27_0 36 KB\n",
"jinja2-2.6-py27_0 1.6 MB\n",
"jinja2-2.7.1-py33_0 1.8 MB\n",
"keyring-1.4-py27_0 364 KB\n",
"kiwisolver-0.1.3-py27_0 195 KB\n",
"launcher-0.1.1-py27_0 3.3 MB\n",
"launcher-0.1.2-py27_1 2.8 MB\n",
"launcher-0.1.5-py27_0 2.8 MB\n",
"libdynd-0.3.0-0 3.0 MB\n",
"libdynd-0.5.0-0 9.9 MB\n",
"libdynd-0.6.2-0 13.3 MB\n",
"libevent-2.0.20-0 2.0 MB\n",
"libnetcdf-4.2.1.1-1 3.4 MB\n",
"libxslt-1.1.28-1 2.7 MB\n",
"llvm-3.2-0 50.3 MB\n",
"llvmmath-0.1.0-np17py27_0 359 KB\n",
"llvmmath-0.1.1-np17py33_2 415 KB\n",
"llvmpy-0.11.3-py27_0 2.6 MB\n",
"llvmpy-0.12.0-py33_0 3.0 MB\n",
"llvmpy-0.12.6-py27_0 2.9 MB\n",
"lxml-3.2.1-py27_0 3.2 MB\n",
"lxml-3.2.3-py33_0 3.1 MB\n",
"lxml-3.3.5-py27_0 3.4 MB\n",
"lxml-3.4.0-py27_0 3.5 MB\n",
"mako-0.8.0-py27_0 613 KB\n",
"markupsafe-0.18-py33_0 76 KB\n",
"matplotlib-1.2.1-np17py27_1 53.5 MB\n",
"matplotlib-1.3.1-np17py33_0 59.3 MB\n",
"matplotlib-1.3.1-np18py27_1 58.1 MB\n",
"matplotlib-1.4.0-np19py27_0 70.5 MB\n",
"mccabe-0.2.1-py27_1 28 KB\n",
"mccabe-0.3-py27_1 28 KB\n",
"mdp-3.3-np17py27_0 2.8 MB\n",
"mdp-3.3-np17py33_0 3.1 MB\n",
"mercurial-3.0-py27_0 6.4 MB\n",
"mistune-0.5.1-py26_0 84 KB\n",
"mistune-0.5.1-py27_0 84 KB\n",
"mkl-11.1-np18py27_p2 9 KB\n",
"mock-1.0.1-py26_0 156 KB\n",
"mock-1.0.1-py27_0 155 KB\n",
"multipledispatch-0.4.3-py27_0 36 KB\n",
"netcdf4-1.0.6-np17py33_0 1.2 MB\n",
"networkx-1.7-py27_0 4.1 MB\n",
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"python-dateutil-2.4.1-py26_0.tar.bz2 217 KB\r\n",
"python-dateutil-2.4.1-py27_0.tar.bz2 218 KB\r\n",
"python.app-1.2-py26_3.tar.bz2 7 KB\r\n",
"python.app-1.2-py27_3.tar.bz2 7 KB\r\n",
"pytz-2014.7-py27_0.tar.bz2 175 KB\r\n",
"pytz-2014.9-py27_0.tar.bz2 175 KB\r\n",
"pytz-2015.2-py26_0.tar.bz2 175 KB\r\n",
"pytz-2015.2-py27_0.tar.bz2 175 KB\r\n",
"pyyaml-3.11-py26_0.tar.bz2 146 KB\r\n",
"pyzmq-14.3.1-py27_0.tar.bz2 275 KB\r\n",
"pyzmq-14.4.1-py27_0.tar.bz2 290 KB\r\n",
"pyzmq-14.5.0-py26_0.tar.bz2 290 KB\r\n",
"pyzmq-14.5.0-py27_0.tar.bz2 290 KB\r\n",
"qt-4.8.6-0.tar.bz2 39.0 MB\r\n",
"redis-py-2.10.3-py26_0.tar.bz2 70 KB\r\n",
"redis-py-2.10.3-py27_0.tar.bz2 70 KB\r\n",
"requests-2.4.1-py27_0.tar.bz2 577 KB\r\n",
"requests-2.4.3-py27_0.tar.bz2 578 KB\r\n",
"requests-2.5.0-py27_0.tar.bz2 586 KB\r\n",
"requests-2.5.1-py27_0.tar.bz2 586 KB\r\n",
"requests-2.5.3-py27_0.tar.bz2 592 KB\r\n",
"requests-2.6.0-py26_0.tar.bz2 593 KB\r\n",
"requests-2.6.0-py27_0.tar.bz2 594 KB\r\n",
"rope-0.9.4-py26_1.tar.bz2 225 KB\r\n",
"runipy-0.1.1-py27_0.tar.bz2 11 KB\r\n",
"runipy-0.1.3-py27_0.tar.bz2 9 KB\r\n",
"scikit-image-0.10.1-np19py27_0.tar.bz2 14.4 MB\r\n",
"scikit-image-0.11.2-np19py26_0.tar.bz2 16.1 MB\r\n",
"scikit-image-0.11.2-np19py27_0.tar.bz2 16.1 MB\r\n",
"scikit-learn-0.15.2-np19py26_0.tar.bz2 3.1 MB\r\n",
"scikit-learn-0.15.2-np19py27_0.tar.bz2 3.1 MB\r\n",
"scikit-learn-0.15.2-np19py27_p0.tar.bz2 3.1 MB\r\n",
"scipy-0.14.0-np19py27_p0.tar.bz2 11.5 MB\r\n",
"scipy-0.15.1-np19py26_0.tar.bz2 12.0 MB\r\n",
"scipy-0.15.1-np19py27_0.tar.bz2 12.1 MB\r\n",
"scipy-0.15.1-np19py27_p0.tar.bz2 12.1 MB\r\n",
"seaborn-0.5.1-np19py27_0.tar.bz2 185 KB\r\n",
"setuptools-11.3.1-py27_0.tar.bz2 430 KB\r\n",
"setuptools-12.0.5-py27_0.tar.bz2 436 KB\r\n",
"setuptools-12.2-py27_0.tar.bz2 437 KB\r\n",
"setuptools-13.0.2-py27_0.tar.bz2 436 KB\r\n",
"setuptools-14.0-py26_0.tar.bz2 438 KB\r\n",
"setuptools-14.0-py27_0.tar.bz2 435 KB\r\n",
"setuptools-14.0-py34_0.tar.bz2 440 KB\r\n",
"setuptools-14.3-py26_0.tar.bz2 438 KB\r\n",
"setuptools-14.3-py27_0.tar.bz2 435 KB\r\n",
"setuptools-15.0-py26_0.tar.bz2 439 KB\r\n",
"setuptools-15.0-py27_0.tar.bz2 436 KB\r\n",
"setuptools-5.8-py27_0.tar.bz2 426 KB\r\n",
"setuptools-7.0-py27_0.tar.bz2 436 KB\r\n",
"sip-4.16.5-py26_0.tar.bz2 234 KB\r\n",
"sip-4.16.5-py27_0.tar.bz2 234 KB\r\n",
"six-1.8.0-py27_0.tar.bz2 15 KB\r\n",
"six-1.9.0-py26_0.tar.bz2 16 KB\r\n",
"six-1.9.0-py27_0.tar.bz2 16 KB\r\n",
"sockjs-tornado-1.0.1-py26_0.tar.bz2 31 KB\r\n",
"sockjs-tornado-1.0.1-py27_0.tar.bz2 31 KB\r\n",
"sphinx-1.2.3-py26_0.tar.bz2 1004 KB\r\n",
"sphinx-1.2.3-py27_0.tar.bz2 1005 KB\r\n",
"spyder-2.3.1-py27_1.tar.bz2 4.0 MB\r\n",
"spyder-2.3.4-py27_1.tar.bz2 4.0 MB\r\n",
"spyder-app-2.3.1-py27_0.tar.bz2 7 KB\r\n",
"spyder-app-2.3.4-py27_0.tar.bz2 7 KB\r\n",
"sqlalchemy-0.9.7-py27_0.tar.bz2 1.2 MB\r\n",
"sqlalchemy-0.9.9-py26_0.tar.bz2 1.2 MB\r\n",
"sqlalchemy-0.9.9-py27_0.tar.bz2 1.2 MB\r\n",
"sqlite-3.8.4.1-1.tar.bz2 824 KB\r\n",
"ssl_match_hostname-3.4.0.2-py26_0.tar.bz2 6 KB\r\n",
"statsmodels-0.5.0-np19py27_2.tar.bz2 5.4 MB\r\n",
"statsmodels-0.6.1-np19py26_0.tar.bz2 4.6 MB\r\n",
"statsmodels-0.6.1-np19py27_0.tar.bz2 4.6 MB\r\n",
"sympy-0.7.6-py26_0.tar.bz2 6.1 MB\r\n",
"sympy-0.7.6-py27_0.tar.bz2 6.2 MB\r\n",
"terminado-0.5-py27_0.tar.bz2 17 KB\r\n",
"tk-8.5.18-0.tar.bz2 1.9 MB\r\n",
"toolz-0.7.0-py27_0.tar.bz2 27 KB\r\n",
"toolz-0.7.1-py26_0.tar.bz2 27 KB\r\n",
"toolz-0.7.1-py27_0.tar.bz2 27 KB\r\n",
"tornado-4.0.2-py27_0.tar.bz2 449 KB\r\n",
"tornado-4.1-py26_0.tar.bz2 475 KB\r\n",
"tornado-4.1-py27_0.tar.bz2 474 KB\r\n",
"ujson-1.33-py26_0.tar.bz2 19 KB\r\n",
"ujson-1.33-py27_0.tar.bz2 19 KB\r\n",
"unicodecsv-0.9.4-py26_0.tar.bz2 18 KB\r\n",
"unicodecsv-0.9.4-py27_0.tar.bz2 17 KB\r\n",
"unittest2-0.8.0-py26_0.tar.bz2 136 KB\r\n",
"werkzeug-0.10.1-py26_0.tar.bz2 373 KB\r\n",
"werkzeug-0.10.1-py27_0.tar.bz2 374 KB\r\n",
"werkzeug-0.9.6-py27_1.tar.bz2 488 KB\r\n",
"xlrd-0.9.3-py26_0.tar.bz2 158 KB\r\n",
"xlsxwriter-0.5.7-py27_0.tar.bz2 163 KB\r\n",
"xlsxwriter-0.6.7-py26_0.tar.bz2 174 KB\r\n",
"xlsxwriter-0.6.7-py27_0.tar.bz2 175 KB\r\n",
"xlwings-0.3.4-py26_0.tar.bz2 149 KB\r\n",
"xlwings-0.3.4-py27_0.tar.bz2 149 KB\r\n",
"xlwt-0.7.5-py26_0.tar.bz2 172 KB\r\n",
"xz-5.0.5-0.tar.bz2 132 KB\r\n",
"yt-3.0.2-np19py27_0.tar.bz2 3.0 MB\r\n",
"zlib-1.2.8-0.tar.bz2 83 KB\r\n",
"zope.interface-4.1.1-py27_0.tar.bz2 140 KB\r\n",
"-------------------------------------------------------\r\n",
"Total: 793.2 MB\r\n",
"\r\n",
"Dry run: exiting\r\n"
]
}
],
"source": [
"!conda clean -t --dry-run"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {
"collapsed": true
},
"source": [
"# Basic Packages and Configuration"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Here is a list of basic packages that I always use. I install these in two custom environments ``work2`` and ``work3``. I also make a symlink called ``work`` which points to the appropriate environment in which I am currently working.\n",
"\n",
"First, however, I install the following in the default conda environment:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 6,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"Unsetting IPYTHONDIR\n",
"Unsetting TALENT2015DIR\n",
"Fetching package metadata ...........\n",
".\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda:\n",
"\n",
"The following packages will be REMOVED:\n",
"\n",
" anaconda-client: 1.5.1-py27_0 defaults\n",
" argcomplete: 1.0.0-py27_1 defaults\n",
" clyent: 1.2.2-py27_0 defaults\n",
" conda-build: 2.0.1-py27_0 defaults\n",
" enum34: 1.1.6-py27_0 defaults\n",
" filelock: 2.0.6-py27_0 defaults\n",
" jinja2: 2.8-py27_1 defaults\n",
" markupsafe: 0.23-py27_2 defaults\n",
" mercurial: 3.9-py27_0 defaults\n",
" pip: 8.1.2-py27_0 defaults\n",
" pycrypto: 2.6.1-py27_4 defaults\n",
" python-dateutil: 2.5.3-py27_0 defaults\n",
" pytz: 2016.6.1-py27_0 defaults\n",
" readline: 6.2-2 defaults\n",
" ruamel_yaml: 0.11.14-py27_0 defaults\n",
" setuptools: 27.2.0-py27_0 defaults\n",
" six: 1.10.0-py27_0 defaults\n",
" sqlite: 3.13.0-0 defaults\n",
" tk: 8.5.18-0 defaults\n",
" wheel: 0.29.0-py27_0 defaults\n",
" yaml: 0.1.6-0 defaults\n",
" zlib: 1.2.8-3 defaults\n",
"\n",
"The following packages will be DOWNGRADED due to dependency conflicts:\n",
"\n",
" conda: 4.2.7-py27_0 defaults --> 3.12.0-py27_0 defaults\n",
" conda-env: 2.6.0-0 defaults --> 2.1.4-py27_0 defaults\n",
" openssl: 1.0.2i-0 defaults --> 1.0.1k-1 defaults\n",
" pycosat: 0.6.1-py27_1 defaults --> 0.6.1-py27_0 defaults\n",
" python: 2.7.12-1 defaults --> 2.7.9-1 defaults\n",
" pyyaml: 3.12-py27_0 defaults --> 3.11-py27_0 defaults\n",
" requests: 2.11.1-py27_0 defaults --> 2.7.0-py27_0 defaults\n",
"\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[openssl ]| | 0%\r",
"[python-dateutil ]|# | 3%\r",
"[pycosat ]|### | 6%\r",
"[python ]|##### | 10%\r",
"[wheel ]|###### | 13%\r",
"[filelock ]|######## | 17%\r",
"[conda-env ]|########## | 20%\r",
"[clyent ]|############ | 24%\r",
"[ruamel_yaml ]|############# | 27%\r",
"[anaconda-client ]|############### | 31%\r",
"[setuptools ]|################# | 34%\r",
"[requests ]|################## | 37%\r",
"[mercurial ]|#################### | 41%\r",
"[jinja2 ]|###################### | 44%\r",
"[enum34 ]|######################## | 48%\r",
"[pip ]|######################### | 51%\r",
"[sqlite ]|########################### | 55%\r",
"[pycrypto ]|############################# | 58%\r",
"[pytz ]|############################### | 62%\r",
"[conda ]|################################ | 65%\r",
"[conda-build ]|################################## | 68%\r",
"[pyyaml ]|#################################### | 72%\r",
"[yaml ]|##################################### | 75%\r",
"[zlib ]|####################################### | 79%\r",
"[readline ]|######################################### | 82%\r",
"[argcomplete ]|########################################### | 86%\r",
"[markupsafe ]|############################################ | 89%\r",
"[six ]|############################################## | 93%\r",
"[tk ]|################################################ | 96%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[python ]| | 0%\r",
"[python ]| | 0%\r",
"[pyyaml ]|####### | 14%\r",
"[openssl ]|############## | 28%\r",
"[conda ]|##################### | 42%\r",
"[conda-env ]|############################ | 57%\r",
"[requests ]|################################### | 71%\r",
"[pycosat ]|########################################## | 85%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Fetching package metadata: ........\n",
"Solving package specifications: .\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda:\n",
"\n",
"The following packages will be downloaded:\n",
"\n",
" package | build\n",
" ---------------------------|-----------------\n",
" sqlite-3.13.0 | 1 1.4 MB conda-forge\n",
" enum34-1.1.6 | py27_1 54 KB conda-forge\n",
" ------------------------------------------------------------\n",
" Total: 1.4 MB\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" enum34: 1.1.6-py27_1 conda-forge\n",
" pip: 8.1.2-py27_0 defaults \n",
" readline: 6.2-2 defaults \n",
" ruamel_yaml: 0.11.14-py27_0 defaults \n",
" setuptools: 27.2.0-py27_0 defaults \n",
" sqlite: 3.13.0-1 conda-forge\n",
" tk: 8.5.18-0 defaults \n",
" wheel: 0.29.0-py27_0 defaults \n",
" yaml: 0.1.6-0 defaults \n",
" zlib: 1.2.8-3 defaults \n",
"\n",
"The following packages will be UPDATED:\n",
"\n",
" conda: 3.12.0-py27_0 defaults --> 4.2.7-py27_0 defaults \n",
" conda-env: 2.1.4-py27_0 defaults --> 2.6.0-0 defaults \n",
" openssl: 1.0.1k-1 defaults --> 1.0.2i-0 defaults \n",
" pycosat: 0.6.1-py27_0 defaults --> 0.6.1-py27_1 defaults \n",
" python: 2.7.9-1 defaults --> 2.7.12-1 defaults \n",
" requests: 2.7.0-py27_0 defaults --> 2.11.1-py27_0 defaults \n",
"\n",
"Fetching packages ...\n",
"sqlite-3.13.0- 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s\r",
"sqlite-3.13.0- 1% | | ETA: 0:00:06 205.10 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 2% | | ETA: 0:00:06 217.79 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 3% |# | ETA: 0:00:04 311.98 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 4% |# | ETA: 0:00:04 291.85 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 5% |# | ETA: 0:00:03 353.26 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 6% |## | ETA: 0:00:03 412.54 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 8% |## | ETA: 0:00:03 385.92 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 9% |## | ETA: 0:00:03 425.51 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 10% |### | ETA: 0:00:02 474.29 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 11% |### | ETA: 0:00:02 519.76 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 12% |### | ETA: 0:00:02 561.75 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 13% |#### | ETA: 0:00:02 601.94 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 14% |#### | ETA: 0:00:02 563.65 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 16% |#### | ETA: 0:00:02 596.68 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 17% |##### | ETA: 0:00:01 629.35 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 18% |##### | ETA: 0:00:01 662.50 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 19% |###### | ETA: 0:00:01 689.51 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 20% |###### | ETA: 0:00:01 728.65 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 21% |###### | ETA: 0:00:01 765.90 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 22% |####### | ETA: 0:00:01 648.08 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 24% |####### | ETA: 0:00:01 679.57 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 25% |####### | ETA: 0:00:01 711.47 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 26% |######## | ETA: 0:00:01 743.42 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 27% |######## | ETA: 0:00:01 775.35 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 28% |######## | ETA: 0:00:01 807.25 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 29% |######### | ETA: 0:00:01 839.14 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 30% |######### | ETA: 0:00:01 870.91 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 32% |######### | ETA: 0:00:01 902.70 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 33% |########## | ETA: 0:00:01 934.50 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 34% |########## | ETA: 0:00:01 861.19 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 35% |########### | ETA: 0:00:01 885.50 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 36% |########### | ETA: 0:00:00 913.39 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 37% |########### | ETA: 0:00:00 913.37 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 38% |############ | ETA: 0:00:00 940.31 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 40% |############ | ETA: 0:00:00 967.44 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 41% |############ | ETA: 0:00:00 994.53 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 42% |############# | ETA: 0:00:00 1.02 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 43% |############# | ETA: 0:00:00 1.04 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 44% |############# | ETA: 0:00:00 1.06 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 45% |############## | ETA: 0:00:00 937.75 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 46% |############## | ETA: 0:00:00 954.70 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 48% |############## | ETA: 0:00:00 839.55 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 49% |############### | ETA: 0:00:00 857.95 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 50% |############### | ETA: 0:00:00 877.40 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 51% |############### | ETA: 0:00:00 896.64 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 52% |################ | ETA: 0:00:00 915.88 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 53% |################ | ETA: 0:00:00 935.04 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 54% |################# | ETA: 0:00:00 954.00 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 56% |################# | ETA: 0:00:00 973.28 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 57% |################# | ETA: 0:00:00 992.83 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 58% |################## | ETA: 0:00:00 1.01 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 59% |################## | ETA: 0:00:00 1.03 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 60% |################## | ETA: 0:00:00 1.05 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 61% |################### | ETA: 0:00:00 1.07 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 63% |################### | ETA: 0:00:00 1.09 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 64% |################### | ETA: 0:00:00 1.11 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 65% |#################### | ETA: 0:00:00 1.13 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 66% |#################### | ETA: 0:00:00 1.06 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 67% |#################### | ETA: 0:00:00 997.73 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 68% |##################### | ETA: 0:00:00 1.01 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 69% |##################### | ETA: 0:00:00 958.31 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 71% |###################### | ETA: 0:00:00 969.90 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 72% |###################### | ETA: 0:00:00 980.42 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 73% |###################### | ETA: 0:00:00 991.16 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 74% |####################### | ETA: 0:00:00 951.10 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 75% |####################### | ETA: 0:00:00 959.31 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 76% |####################### | ETA: 0:00:00 970.22 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 77% |######################## | ETA: 0:00:00 982.33 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 79% |######################## | ETA: 0:00:00 996.19 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 80% |######################## | ETA: 0:00:00 1.01 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 81% |######################### | ETA: 0:00:00 1.02 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 82% |######################### | ETA: 0:00:00 989.75 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 83% |######################### | ETA: 0:00:00 997.51 kB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 84% |########################## | ETA: 0:00:00 1.01 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 85% |########################## | ETA: 0:00:00 1.02 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 87% |########################## | ETA: 0:00:00 1.03 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 88% |########################### | ETA: 0:00:00 1.03 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 89% |########################### | ETA: 0:00:00 1.04 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 90% |############################ | ETA: 0:00:00 1.05 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 91% |############################ | ETA: 0:00:00 1.06 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 92% |############################ | ETA: 0:00:00 1.03 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 93% |############################# | ETA: 0:00:00 1.04 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 95% |############################# | ETA: 0:00:00 1.05 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 96% |############################# | ETA: 0:00:00 1.06 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 97% |############################## | ETA: 0:00:00 1.06 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 98% |############################## | ETA: 0:00:00 1.08 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 99% |############################## | ETA: 0:00:00 1.09 MB/s\r",
"sqlite-3.13.0- 100% |###############################| Time: 0:00:01 1.06 MB/s\r\n",
"enum34-1.1.6-p 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s\r",
"enum34-1.1.6-p 29% |######### | Time: 0:00:00 184.24 kB/s\r",
"enum34-1.1.6-p 59% |################## | Time: 0:00:00 193.30 kB/s\r",
"enum34-1.1.6-p 89% |########################### | Time: 0:00:00 278.17 kB/s\r",
"enum34-1.1.6-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 308.83 kB/s\r",
"enum34-1.1.6-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 308.55 kB/s\r",
"enum34-1.1.6-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 307.90 kB/s\r\n",
"Extracting packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[sqlite ]| | 0%\r",
"[enum34 ]|######################### | 50%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[conda ]| | 0%\r",
"[conda ]| | 0%\r",
"[conda-env ]|######## | 16%\r",
"[openssl ]|################ | 33%\r",
"[pycosat ]|######################### | 50%\r",
"[python ]|################################# | 66%\r",
"[requests ]|######################################### | 83%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[conda-env ]| | 0%\r",
"[conda-env ]| | 0%\r",
"[openssl ]|### | 6%\r",
"[readline ]|###### | 12%\r",
"[sqlite ]|######### | 18%\r",
"[tk ]|############ | 25%\r",
"[yaml ]|############### | 31%\r",
"[zlib ]|################## | 37%\r",
"[enum34 ]|##################### | 43%\r",
"[pycosat ]|######################### | 50%\r",
"[python ]|############################ | 56%\r",
"[requests ]|############################### | 62%\r",
"[ruamel_yaml ]|################################## | 68%\r",
"[setuptools ]|##################################### | 75%\r",
"[wheel ]|######################################## | 81%\r",
"[conda ]|########################################### | 87%\r",
"[pip ]|############################################## | 93%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Fetching package metadata ...........\n",
"Solving package specifications: ..........\n",
"\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda:\n",
"\n",
"The following NEW packages will be INSTALLED:\n",
"\n",
" anaconda-client: 1.5.1-py27_0 defaults\n",
" argcomplete: 1.0.0-py27_1 defaults\n",
" clyent: 1.2.2-py27_0 defaults\n",
" conda-build: 2.0.1-py27_0 defaults\n",
" filelock: 2.0.6-py27_0 defaults\n",
" jinja2: 2.8-py27_1 defaults\n",
" markupsafe: 0.23-py27_2 defaults\n",
" mercurial: 3.9-py27_0 defaults\n",
" pycrypto: 2.6.1-py27_4 defaults\n",
" python-dateutil: 2.5.3-py27_0 defaults\n",
" pytz: 2016.6.1-py27_0 defaults\n",
" six: 1.10.0-py27_0 defaults\n",
"\n",
"The following packages will be UPDATED:\n",
"\n",
" pyyaml: 3.11-py27_0 defaults --> 3.12-py27_0 defaults\n",
"\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[pyyaml ]| | 0%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[filelock ]| | 0%\r",
"[filelock ]| | 0%\r",
"[markupsafe ]|### | 7%\r",
"[mercurial ]|####### | 15%\r",
"[pycrypto ]|########### | 23%\r",
"[pytz ]|############### | 30%\r",
"[pyyaml ]|################### | 38%\r",
"[six ]|####################### | 46%\r",
"[argcomplete ]|########################## | 53%\r",
"[clyent ]|############################## | 61%\r",
"[jinja2 ]|################################## | 69%\r",
"[python-dateutil ]|###################################### | 76%\r",
"[anaconda-client ]|########################################## | 84%\r",
"[conda-build ]|############################################## | 92%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Fetching package metadata ...........\n",
"Solving package specifications: ..........\n",
"\n",
"Package plan for installation in environment /data/apps/anaconda:\n",
"\n",
"The following packages will be SUPERCEDED by a higher-priority channel:\n",
"\n",
" enum34: 1.1.6-py27_1 https://conda.binstar.org/conda-forge --> 1.1.6-py27_0 defaults\n",
" sqlite: 3.13.0-1 https://conda.binstar.org/conda-forge --> 3.13.0-0 defaults\n",
"\n",
"Unlinking packages ...\n",
"[ ]| | 0%\r",
"[enum34 ]| | 0%\r",
"[sqlite ]|######################### | 50%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"Linking packages ...\n",
"[ COMPLETE ]| | 0%\r",
"[sqlite ]| | 0%\r",
"[sqlite ]| | 0%\r",
"[enum34 ]|######################### | 50%\r",
"[ COMPLETE ]|##################################################| 100%\r\n",
"# packages in environment at /data/apps/anaconda:\n",
"#\n",
"anaconda-client 1.5.1 py27_0 defaults\n",
"argcomplete 1.0.0 py27_1 defaults\n",
"clyent 1.2.2 py27_0 defaults\n",
"conda 4.2.7 py27_0 defaults\n",
"conda-build 2.0.1 py27_0 defaults\n",
"conda-env 2.6.0 0 defaults\n",
"enum34 1.1.6 py27_0 defaults\n",
"filelock 2.0.6 py27_0 defaults\n",
"jinja2 2.8 py27_1 defaults\n",
"markupsafe 0.23 py27_2 defaults\n",
"mercurial 3.9 py27_0 defaults\n",
"openssl 1.0.2i 0 defaults\n",
"pip 8.1.2 py27_0 defaults\n",
"pycosat 0.6.1 py27_1 defaults\n",
"pycrypto 2.6.1 py27_4 defaults\n",
"python 2.7.12 1 defaults\n",
"python-dateutil 2.5.3 py27_0 defaults\n",
"pytz 2016.6.1 py27_0 defaults\n",
"pyyaml 3.12 py27_0 defaults\n",
"readline 6.2 2 defaults\n",
"requests 2.11.1 py27_0 defaults\n",
"ruamel_yaml 0.11.14 py27_0 defaults\n",
"setuptools 27.2.0 py27_0 defaults\n",
"six 1.10.0 py27_0 defaults\n",
"sqlite 3.13.0 0 defaults\n",
"tk 8.5.18 0 defaults\n",
"wheel 0.29.0 py27_0 defaults\n",
"yaml 0.1.6 0 defaults\n",
"zlib 1.2.8 3 defaults\n"
]
},
{
"name": "stderr",
"output_type": "stream",
"text": [
"Warning: 'conda-forge' already in 'channels' list, moving to the bottom\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"#conda install -y --revision=0 # Revert to original revision: Removes conda!\n",
"conda update -y conda # Update conda \n",
"conda config --append channels conda-forge # Added conda-forge channel\n",
"# Now install all additional packages\n",
"conda install -y argcomplete mercurial conda-build anaconda-client\n",
"conda update -y --all # Update all other packages\n",
"conda list\n",
"#pip install -U hg-git python-hglib"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Now I add the default path to both the start and end of ``%PATH`` *with different names* in my ``.bashrc`` file:\n",
"\n",
"```bash\n",
"export PATH=\"/data/apps/anaconda/bin:$PATH:/data/apps/anaconda/bin/.\"\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"The reason for the latter addition is:\n",
"\n",
"1. It will be a fallback when activating other environments so I can still use mercurial.\n",
"2. By giving it a different name it will not be removed when ``. deactivate`` is called."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Here is the process for creating my new work environments including some subtle issues:\n",
"\n",
"* As per [issue 280](https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/280), anaconda's packages for [nose](http://nose.readthedocs.org) and [flake8](http://flake8.readthedocs.org) are broken and do not register the distutils entry point, thus I remove these.\n",
"* Many of these tools are for high performance computation."
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": null,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"%%bash\n",
". deactivate 2> /dev/null\n",
"conda create -n work2 --clone py2a\n",
"conda install -y accelerate coverage zope.interface -n work2\n",
"conda install -y line_profiler -n work2\n",
"conda update -y --all -n work2\n",
"conda remove -y nose pyflake8 -n work2\n",
"\n",
". activate work2\n",
"pip install -U nose pyflake8 memory_profiler\n",
"pip install -U nikola webassets # For blogging\n",
"pip install -U pyfftw # Needs the FFTW (from source, install all precisions)\n",
"pip install -U pygsl # Needs the GSL (port install gsl)\n",
"pip install -U uncertainties # uncertainties package I work with for error analysis\n",
"pip install -U rope jedi yapf # Used by elpy mode in emacs."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Activate and Deactivate Scripts"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"When sourcing the activate and deactivate scripts, files ``\"$CONDA_ROOT/etc/conda/activate.d/*.sh\"`` and ``\"$CONDA_ROOT/etc/conda/deactivate.d/*.sh\"`` will be sourced. This allows one to perform additional configurations such as setting ``IPYTHONDIR``. To find ``CONDA_ROOT`` programatically use:"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 1,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"CONDA_ROOT=/data/apps/anaconda/envs/work\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
"CONDA_ROOT=\"$(conda info -e | grep '*' | cut -d '*' -f2 | sed 's/^ *//g')\"\n",
"echo CONDA_ROOT=$CONDA_ROOT"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"For example, the following two scripts to set and reset (once) ``IPYTHONDIR``:\n",
"\n",
"* ``/data/apps/anaconda/envs/work/etc/conda/activate.d/set_ipythondir.sh``\n",
"\n",
"```bash\n",
"if [ ! -z \\${IPYTHONDIR+x} ]; then\n",
" export OLD_IPYTHONDIR=\"\\$IPYTHONDIR\"\n",
"fi\n",
"export IPYTHONDIR=\"/data/apps/anaconda/envs/work/.ipython\"\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"* ``/data/apps/anaconda/envs/work/etc/conda/deactivate.d/unset_ipythondir.sh``\n",
"\n",
"```bash\n",
"if [ -z \\${OLD_IPYTHONDIR+x} ]; then\n",
" unset IPYTHONDIR\n",
"else\n",
" export IPYTHONDIR=\"\\$OLD_IPYTHONDIR\"\n",
" unset OLD_IPYTHONDIR\n",
"fi\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I make these files with a script like the following which I can run in the appropriate environment to set the ``.ipython`` directory in the current folder as the ``IPYTHONDIR`` for the environment. *Note: It does some checks to make sure that an environment is active.*\n",
"\n",
"```bash\n",
"#!/bin/bash\n",
"\n",
"CONDA_ROOT=\"$(conda info --root)\"\n",
"CONDA_ENV=\"$(conda info -e | grep '*' | cut -d '*' -f2 | sed 's/^ *//g')\"\n",
"if [ \"$CONDA_ROOT\" == \"$CONDA_ENV\" ]; then\n",
" echo \"Not in a conda environment. Activate the environment first. I.e.:\"\n",
" echo\n",
" echo \" . activate work\"\n",
" echo\n",
" exit 1\n",
"else\n",
" echo \"Creating activate and deactivate scripts:\"\n",
" echo\n",
" echo \" $CONDA_ENV/etc/conda/activate.d/set_ipythondir.sh\"\n",
" echo \" $CONDA_ENV/etc/conda/deactivate.d/unset_ipythondir.sh\"\n",
" echo\n",
"fi\n",
"\n",
"mkdir -p \"$CONDA_ENV/etc/conda/activate.d\"\n",
"mkdir -p \"$CONDA_ENV/etc/conda/deactivate.d\"\n",
"IPYTHONDIR=\"$(cd .ipython && pwd)\"\n",
"cat < \"$CONDA_ENV/etc/conda/activate.d/set_ipythondir.sh\"\n",
"# This file sets the IPYTHONDIR environmental variable to use the\n",
"# settings in $IPYTHONDIR\n",
"# It is called when you activate the $CONDA_ENV environment with\n",
"#\n",
"# . activate $CONDA_ENV\n",
"\n",
"if [ ! -z \\${IPYTHONDIR+x} ]; then\n",
" export OLD_IPYTHONDIR=\"\\$IPYTHONDIR\"\n",
"fi\n",
"echo Setting IPYTHONDIR=\"$IPYTHONDIR\"\n",
"export IPYTHONDIR=\"$IPYTHONDIR\"\n",
"EOF\n",
"cat < \"$CONDA_ENV/etc/conda/deactivate.d/unset_ipythondir.sh\"\n",
"# This file resets the IPYTHONDIR environmental to the previous value.\n",
"# It is called when you deactivate the $CONDA_ENV environment with\n",
"#\n",
"# . deactivate\n",
"\n",
"if [ -z \\${OLD_IPYTHONDIR+x} ]; then\n",
" echo Unsetting IPYTHONDIR\n",
" unset IPYTHONDIR\n",
"else\n",
" echo Resetting IPYTHONDIR=\"\\$OLD_IPYTHONDIR\"\n",
" export IPYTHONDIR=\"\\$OLD_IPYTHONDIR\"\n",
" unset OLD_IPYTHONDIR\n",
"fi\n",
"EOF\n",
"\n",
". \"$CONDA_ENV/etc/conda/activate.d/set_ipythondir.sh\"\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Development"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"If you are developing software, the [`conda-devenv`](https://github.com/ESSS/conda-devenv) package might help. It allows you to maintain several dependent environment files for example. This might be useful when you want to have separate environment files for testing python 2 and python 3. Useful features include (from [the docs](https://conda-devenv.readthedocs.io/en/latest/)):\n",
"\n",
"* Jinja 2 support: gives more flexibility to the environment definition, for example making it simple to conditionally add dependencies based on platform.\n",
"* include other environment.devenv.yml files: this allows you to easily work in several dependent projects at the same time, managing a single conda environment with your dependencies.\n",
"* Environment variables: you can define a environment: section with environment variables that should be defined when the environment is activated.\n"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Packages and Dependencies"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Making sure that you have all of the required packages installed can be a bit of a pain. I have toyed with three different types of strategies outlined below. I currently use method 1. when actively developing, then switch to a version that supports both 2. and 3.\n",
"\n",
"1. Include the source code for projects you need as weak dependencies managed with the myrepos (``mr``) tool:\n",
"\n",
" * http://myrepos.branchable.com\n",
" \n",
" Basically, I include a ``.mrconfig`` file which instructs ``mr`` how to checkout the required projects:\n",
" \n",
" ```ini\n",
" [_ext/pymmf]\n",
" checkout = hg clone 'https://bitbucket.org/mforbes/pymmf' 'pymmf'\n",
" ```\n",
" \n",
" When I run ``mr checkout``, this project will be cloned to ``_ext/pymmf`` and I can then symlink the appropriate files to a top-level module ``ln -s _ext/pymmf/mmf mmf``. If you use ``pymmf`` in many projects, you can replace ``_ext/pymmf`` with a simlink to an appropriate common location (but keep in mind that each project will be using the same revision then.)\n",
" \n",
" A small set of additional command can give ``mr freeze`` which tracks the specific verions. There are some bugs with this, but you can see an example in my [mmfhg project](https://bitbucket.org/mforbes/mmfhg), in particular in the [``mrconfig`` file](https://bitbucket.org/mforbes/mmfhg/src/tip/mrconfig?at=default).\n",
" \n",
" This approach is useful if you need to activately develop both the top level project and the subproject, but requires manual intervention to update etc. and is not suitable for general usage since collaborators will need to add myrepos to their toolchain.\n",
"\n",
"2. Write a ``setup.py`` file and use this or ``pip`` to manage the dependencies.\n",
"\n",
" This is a better choice for general distribution and collaboration, but still has a few warts. An advantage of this over the next option is that it will then work with [PyPI](https://pypi.org).\n",
" \n",
"3. Write a `meta.yaml` file and use `conda` to manage dependencies.\n",
"\n",
" This is a good choice for general distribution if you want your package to be installable with `conda` from [Anaconda Cloud](https://anaconda.org).\n"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Setuptools and Pip"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"The [Python Packaging User Guide](https://python-packaging-user-guide.readthedocs.org/en/latest/index.html) is supposed to provide the definitive guide for managing python packages. Its current recommendations for installing packages is to use ``pip``, so we would like to maintain that strategy. The basic idea here is to include a ``setup.py`` file in your top level directory that specifies your dependencies (and example will be provided below). This is designed for and works well will packages published on [PyPI](https://pypi.python.org/pypi) but starts failing when you need to depend on projects that are not published (i.e. those hosted on [github](https://github.com) or [bitbucket](https://bitbucket.org).)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### Setup(.py) and Requirements(.txt)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Some of the issues are discussed in [this rant](https://pythonrants.wordpress.com/2013/12/06/why-i-hate-virtualenv-and-pip/) but are centered around the issue of how to specify the location of code not available on [PyPI](https://pypi.python.org/pypi). Both ``pip`` and ``setuptools`` support installation from version controlled sources. The recommended approach for this (see [Setup vs. Requirements](https://caremad.io/2013/07/setup-vs-requirement/) is to put these dependencies in a ``requirements.txt`` file, but there are problems with this approach:\n",
"\n",
"1. Users must run ``pip install -r requirements.txt`` explicitly rather than just ``pip install -e .`` or ``python setup.py develop``.\n",
"\n",
" This is probably not such a big deal as long as the install instructions are clear.\n",
" \n",
"2. If you require a subproject that also has ``requirements.txt``, there is no easy way of recursively parsing the subprojects requirements. (The requirements specified in the subprojects ``setup.py`` will get processed.\n",
"\n",
" The only solution I know to this second issue is to make sure your ``requirements.txt`` file is very complete, specifying all possible requirements recursively.\n",
" \n",
"3. Suppose that you use branches or tags in your code to mark versions. Now suppose that one project ``A`` that depends on another project ``B``, and that ``B`` depends on a specific version of ``C==0.9``. You dutifully include this in the ``setup.py`` files:\n",
"\n",
" ```python\n",
" # A's setup.py\n",
" install_requires = [\"B\"]\n",
" ```\n",
"\n",
" ```python\n",
" # B's setup.py\n",
" install_requires = [\"C==0.9\"]\n",
" ```\n",
" \n",
" However, at this point, neither ``pip`` nor ``setuptools`` can install ``A`` since neither ``B`` nor ``C`` are installed on [PyPI](https://pypi.python.org/pypi). The recommended solution is to specify all of the dependences in ``A``'s ``requirements.txt`` file:\n",
" \n",
" ```ini\n",
" -e hg+ssh://hg@bitbucket.org/mforbes/B#egg=B\n",
" -e hg+ssh://hg@bitbucket.org/mforbes/C#egg=C\n",
" -e .\n",
" ```\n",
" \n",
" Installing ``A`` with ``pip install -r requirements.txt`` will now install ``B`` and ``C``, but the requirements are now broken. The package ``C`` for example will be installed at the latest version, even if this breaks the ``C==0.9`` requirement by ``B``. This appears to be broken even if we provide the explicit versions in the ``requirements.txt`` file:\n",
" \n",
" ```ini\n",
" -e hg+ssh://hg@bitbucket.org/mforbes/B#egg=B\n",
" -e hg+ssh://hg@bitbucket.org/mforbes/C@0.8#egg=C-0.8\n",
" -e .\n",
" ```\n",
" \n",
" Thus we are left in the awkward position of having to make sure in project ``A`` that we pin the exact requirements we need in subproject ``C`` even though we do not (directly) depend on it."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"The problem described above is consistent with the following roles of ``setup.py`` and ``requirements.txt``:\n",
"\n",
"* The ``install_requires`` argument to ``setup()`` in ``setup.py`` specifies what is required and version information should be used to specify what *does not work* (i.e. avoid this version).\n",
"* The ``requirements.txt`` specifies exactly one situation that *does work*.\n",
"\n",
"In case of conflict, the second point here seems to override the first one (``C-0.8`` above gets installed even though the setup for ``B`` specifies ``C==0.9``).\n",
"\n",
"Thus, ``requirements.txt`` is completely useless for specifying dependencies in a general way. The only solution here appears to be to carefully construct a ``requirements.txt`` file whenever a project *or its dependencies* change. The following tools may help with this, but I am not happy with this solution:\n",
"\n",
"* ``pip freeze > requirements.txt``\n",
"* http://furius.ca/snakefood/"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### A Better Solution: Host your own Index"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {
"collapsed": true
},
"source": [
"Can we get the benefits of the usual dependency resolution while using version controlled software? To do this, it seems that you need to host your packages through an index via one of the following approaches:\n",
"\n",
"* Upload your package to [PyPI](https://pypi.python.org/pypi): This works, but requires a lot of discipline and maintenance to make sure your package is complete, tested, working, and properly described whenever you need to freeze it. The whole release process can be a pain, and submitting a bunch or random tools to [PyPI](https://pypi.python.org/pypi) is considered bad practice. (For one thing, there is a global namespace, so you might steal a useful name for a bunch of specialized tools where another package might have been able to better use it for the community.)\n",
"* Host your own Package Index.\n",
"\n",
"The latter approach seems at first to require running a web-server somewhere which is off-putting, but actually supports two quite reasonable solutions. The first is to package tarballs of your projects into a single directory with canonical names like ``C-0.8.tar.gz``, and ``C-0.9.tar.gz`` and then point to this with the ``pip --find-links `` option. (The tarballs can be produced with ``python setup.py sdist`` and will get deposited in the ``dist`` directory which you could symlink to the ```` specified above.) \n",
"\n",
"The second solution is to provide a proper package index somewhere. This allows you to refer to additional locations, and in particular, allows you to refer to something like \n",
"\n",
"```html\n",
"persist-0.9.\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"This uses the packaging feature at bitbucket that will checkout version 0.9 from the repository and deliver it as a tarball. The resulting index file can be hosted somewhere globally and referred to with ``pip install --extra-index-url ``."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### Package Index API"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"The [Package Index \"API\"](http://peak.telecommunity.com/DevCenter/EasyInstall#package-index-api) is basically a set of nested directories of the form ``packagename/version`` with ``index.html`` files that will describe how to download the package with links like those shown above.\n",
"\n",
"This works, but is a PITA since it seems to require:\n",
"\n",
"1. The whole nested directory structure (so you can't just manage a single file).\n",
"2. Requires that these index files be server from a proper web server that will dish them up when given a trailing slash ``https://.../packagename/versions/``. I still don't know why they can't just also look for the index files. I have [asked on the mailing list](https://groups.google.com/forum/#!topic/python-virtualenv/JO135HL9S7s)."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Visualizing Dependencies"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### Pip"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Try the [pipdeptree](https://github.com/naiquevin/pipdeptree) package. Unfortunately, this lists all dependencies in a conda environment.\n",
"\n",
"```\n",
"pip install pipdeptree\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"### Conda"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Here is a strategy based on [Eric Dill's render_env.py GIST](https://gist.github.com/ericdill/9942ac55c2c9f6a550973dd2dc3653a4). We use it to find all of the roots in an environment (packages upon which nothing depends)."
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 1,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"anaconda-project==0.8.3\n",
"argh==0.26.2\n",
"asn1crypto==1.4.0\n",
"astropy==4.0.1.post1\n",
"autopep8==1.5.4\n",
"awkward1==0.2.35\n",
"backports.functools-lru-cache==1.6.1\n",
"backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0\n",
"bitarray==1.4.2\n",
"bkcharts==0.2\n",
"boto==2.49.0\n",
"Bottleneck==1.3.2\n",
"brotlipy==0.7.0\n",
"bumpversion==0.5.3\n",
"cmarkgfm==0.4.2\n",
"Columnar==1.3.1\n",
"conda-build==3.19.2\n",
"conda-devenv==2.1.0\n",
"conda-package-handling==1.6.1\n",
"ConfigArgParse==1.2.3\n",
"contextlib2==0.6.0.post1\n",
"cookiecutter==1.7.2\n",
"Cython==0.29.21\n",
"cytoolz==0.10.1\n",
"datashader==0.11.0\n",
"distributed==2.22.0\n",
"fastcache==1.1.0\n",
"Flask==1.1.2\n",
"fsspec==0.8.0\n",
"gevent==20.6.2\n",
"glob2==0.7\n",
"gmpy2==2.1.0b1\n",
"google-api-python-client==1.10.0\n",
"graphviz==0.14.1\n",
"h5py==2.10.0\n",
"holoviews==1.13.3\n",
"html5lib==1.1\n",
"imagecodecs==2020.5.30\n",
"importlib-metadata==1.7.0\n",
"ipyparallel==6.3.0\n",
"itk-io==5.1.0.post3\n",
"itk-registration==5.1.0.post3\n",
"itk-segmentation==5.1.0.post3\n",
"itkwidgets==0.32.0\n",
"jupyter-console==6.1.0\n",
"jupyterlab==2.2.4\n",
"jupytext==1.5.2\n",
"lxml==4.5.2\n",
"mamba==0.4.4\n",
"mayavi==4.7.1\n",
"mkl-fft==1.1.0\n",
"mkl-random==1.1.0\n",
"mkl-service==2.3.0\n",
"mmf-setup==0.3.0\n",
"mmfutils==0.5.4.dev0\n",
"mock==4.0.2\n",
"nbdime==2.0.0\n",
"netCDF4==1.5.4\n",
"nltk==3.4.4\n",
"nose==1.3.7\n",
"nox==2020.8.22\n",
"oauth2client==4.1.3\n",
"olefile==0.46\n",
"openpyxl==3.0.4\n",
"paramnb==2.0.4\n",
"partd==1.1.0\n",
"path==15.0.0\n",
"pathlib2==2.3.5\n",
"pep8==1.7.1\n",
"persist==3.1.dev1\n",
"pipdeptree==1.0.0\n",
"ply==3.11\n",
"pycurl==7.43.0.5\n",
"pydocstyle==5.0.2\n",
"pyFFTW==0.12.0\n",
"pygraphviz==1.5\n",
"pyodbc==4.0.30\n",
"PyOpenGL==3.1.5\n",
"pyOpenSSL==19.1.0\n",
"PyQt5-sip==4.19.18\n",
"PyQtChart==5.12\n",
"PySocks==1.7.1\n",
"pytest-cov==2.10.0\n",
"pytest-flake8==1.0.6\n",
"pytest-xdist==1.34.0\n",
"pyvista==0.25.3\n",
"regex==2020.7.14\n",
"rope==0.17.0\n",
"Rtree==0.9.4\n",
"scikit-image==0.17.2\n",
"scikit-learn==0.23.2\n",
"seaborn==0.10.1\n",
"simplegeneric==0.8.1\n",
"simplejson==3.17.2\n",
"singledispatch==3.4.0.3\n",
"sip==4.19.24\n",
"snakeviz==2.1.0\n",
"sortedcollections==1.2.1\n",
"sphinx-rtd-theme==0.5.0\n",
"sphinxcontrib-websupport==1.2.4\n",
"sphinxcontrib-zopeext==0.2.4\n",
"spyder==4.1.4\n",
"SQLAlchemy==1.3.18\n",
"statsmodels==0.11.1\n",
"sympy==1.6.2\n",
"tables==3.6.1\n",
"tox==3.20.0\n",
"uncertainties==3.1.4\n",
"unicodecsv==0.14.1\n",
"Unidecode==1.1.1\n",
"vispy==0.6.4\n",
"vpython==7.6.1\n",
"wdata==0.1.0\n",
"wheel==0.34.2\n",
"whichcraft==0.6.1\n",
"xlrd==1.2.0\n",
"XlsxWriter==1.3.2\n",
"xlwings==0.20.2\n",
"xlwt==1.3.0\n",
"yapf==0.30.0\n"
]
},
{
"name": "stderr",
"output_type": "stream",
"text": [
"Warning!!! Possibly conflicting dependencies found:\n",
"* vpython==7.6.1\n",
" - jupyter [required: Any, installed: ?]\n",
"* QDarkStyle==2.8.1\n",
" - helpdev [required: >=0.6.10, installed: ?]\n",
"* mamba==0.4.4\n",
" - pybind11 [required: >=2.2, installed: ?]\n",
"* itkwidgets==0.32.0\n",
" - itk-meshtopolydata [required: >=0.6.2, installed: ?]\n",
"* applaunchservices==0.2.1\n",
" - pyobjc [required: Any, installed: ?]\n",
"------------------------------------------------------------------------\n"
]
}
],
"source": [
"%%bash\n",
"pipdeptree | perl -nle'print if m{^\\w+}' "
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 9,
"metadata": {},
"outputs": [],
"source": [
"from IPython.display import display, clear_output\n",
"import json, glob, sys\n",
"import os\n",
"from os.path import join, basename\n",
"# install this with \"conda install -c conda-forge python-graphviz\"\n",
"import graphviz as gv\n",
"import pygraphviz as pgv\n",
"import networkx as nx\n",
"\n",
"# path to your conda environment\n",
"env_dir = os.path.dirname(sys.prefix)\n",
"env_name = os.path.basename(sys.prefix)\n",
"env_name = \"work3\"\n",
"path = os.path.join(env_dir, env_name)\n",
"path = os.path.dirname(env_dir)\n",
"\n",
"path = \"/data/apps/conda/\"\n",
"#path = \"/data/apps/conda/envs/work\"\n",
"#path = \"/data/apps/conda/envs/blog\"\n",
"#path = \"/data/apps/conda/envs/hv_ok\"\n",
"#path = \"/data/apps/conda/envs/_gpe3\"\n",
"\n",
"dg = gv.Digraph(name=os.path.basename(path))\n",
"pdg = pgv.AGraph(strict=False, directed=True)\n",
"ng = nx.DiGraph()\n",
"\n",
"for json_file in glob.glob(join(path, 'conda-meta', '*.json')):\n",
" print('reading', json_file)\n",
" j = json.load(open(json_file))\n",
" name = j['name']\n",
" label = \"\\n\".join([j['name'], j['version']])\n",
" attrs = dict()\n",
" dg.node(name, label=label)\n",
" pdg.add_node(name)\n",
" ng.add_node(name)\n",
" for dep in j.get('depends', []):\n",
" _dep = dep.split(' ', 1)\n",
" dep_name = _dep.pop(0)\n",
" if _dep:\n",
" attrs = dict(label=_dep[0])\n",
" dg.edge(name, dep_name, **attrs)\n",
" pdg.add_edge(name, dep_name, **attrs)\n",
" ng.add_edge(name, dep_name, **attrs)\n",
"clear_output()"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 11,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"data": {
"text/plain": [
"[(17, 'python.app'),\n",
" (20, 'argcomplete'),\n",
" (30, 'conda-verify'),\n",
" (30, 'mmf_setup'),\n",
" (36, 'conda-tree'),\n",
" (37, 'conda-devenv'),\n",
" (41, 'twine'),\n",
" (43, 'anaconda-client'),\n",
" (47, 'mamba'),\n",
" (56, 'conda-build')]"
]
},
"execution_count": 11,
"metadata": {},
"output_type": "execute_result"
}
],
"source": [
"roots = sorted([(1+len(nx.descendants(ng, _n)), _n)\n",
" for _n in ng.nodes() if ng.in_degree(_n) == 0])\n",
"roots"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 6,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"data": {
"text/plain": [
"[(17, 'python.app'),\n",
" (18, 'backports.functools_lru_cache'),\n",
" (19, 'backports.tempfile'),\n",
" (20, 'argcomplete'),\n",
" (24, 'conda-verify'),\n",
" (30, 'mmf_setup'),\n",
" (36, 'conda-tree'),\n",
" (37, 'conda-devenv'),\n",
" (43, 'anaconda-client'),\n",
" (45, 'twine'),\n",
" (50, 'mamba'),\n",
" (52, 'python-graphviz'),\n",
" (56, 'conda-build')]"
]
},
"execution_count": 6,
"metadata": {},
"output_type": "execute_result"
}
],
"source": [
"roots = sorted([(1+len(nx.descendants(ng, _n)), _n)\n",
" for _n in ng.nodes() if ng.in_degree(_n) == 0])\n",
"roots"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 10,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"data": {
"text/plain": [
"'blog.gv.pdf'"
]
},
"execution_count": 10,
"metadata": {},
"output_type": "execute_result"
}
],
"source": [
"dg.render(view=True)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Issues"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Conda Performance\n",
"\n",
"Conda can be very slow to resolve dependencies. An experimental project [mamba](https://github.com/QuantStack/mamba) attempts to speed this up.\n",
"\n",
"## Redundancy between Conda and Pip\n",
"The present workflow duplicates information in `setup.py` for `pip` and PyPI, and `meta.yaml` for Conda. This is being discussed as part of the following Conda issue:\n",
"\n",
"* https://github.com/conda/conda-build/issues/884"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Building a Conda Package"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"For a simple example of a Conda package, see the following:\n",
"\n",
"* [`mforbes/conda-tree`](https://github.com/mforbes/conda-tree)\n",
"\n",
"This is a simple python project I forked consisting of a single python file. To turn it into a Conda package, I added the following `meta.yaml` YAML file, built, and uploaded it as described in [Anaconda Cloud: Building Packages](http://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/howto/#build-packages):\n",
"\n",
"```yaml\n",
"package:\n",
" name: conda-tree\n",
" version: \"0.0.1\"\n",
"\n",
"source:\n",
" git_rev: master\n",
" git_url: https://github.com/mforbes/conda-tree.git\n",
"\n",
"requirements:\n",
" host:\n",
" - python\n",
"\n",
" run:\n",
" - networkx\n",
" - conda\n",
"\n",
"build:\n",
" noarch: python\n",
" script: # See https://github.com/conda/conda-build/issues/3166\n",
" - mkdir -p \"$PREFIX/bin\"\n",
" - cp conda-tree.py \"$PREFIX/bin/\"\n",
" \n",
"about:\n",
" home: https://github.com/rvalieris/conda-tree\n",
" license: MIT\n",
" license_file: LICENSE\n",
"```\n",
"\n",
"This follows a discussion about [using conda-build to build a package without setup.py](https://github.com/conda/conda-build/issues/3166) (since I wanted to minimally complicate the original package). Once this is built and committed, I can build it an uploaded to [my Conda channel'(https://anaconda.org/mforbes) as follows:\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda install conda-build anaconda-client # If needed: I have these in (base)\n",
"anaconda login # If needed: I stay logged in\n",
"conda build .\n",
"\n",
"# The name needed below can be found with\n",
"conda build . --output\n",
"\n",
"anaconda upload /data/apps/anaconda/conda-bld/noarch/conda-tree-0.0.1-0.tar.bz2\n",
"```\n",
"\n",
"One gotcha: the `conda build .` command above will attempt to download the source from the appropriate tag/branch on Github (since that is what we specified as a source). Thus, you must make sure to [tag and push those tags](https://git-scm.com/book/en/v2/Git-Basics-Tagging):\n",
"\n",
"```bash\n",
"git tag -a v0.0.1\n",
"git push v0.0.1\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## When a Dependency is not Available to Conda"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"When you are making conda packages, all elements need to be conda-installable. Here is how to push a pip-installable package to your conda channel:\n",
"\n",
"```bash\n",
"mkdir tmp; cd tmp\n",
"conda activate base\n",
"```\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda skeleton pypi husl\n",
"# Edit husl/meta.yaml if needed\n",
"conda build husl/meta.yaml\n",
"anaconda upload --all /data/apps/conda/conda-bld/osx-64/husl-4.0.3-py37_0.tar.bz2\n",
"```\n",
"\n",
"```bash\n",
"conda skeleton pypi python-hglib\n",
"# Edit python-hglib/meta.yaml if needed\n",
"conda build python-hglib/meta.yaml\n",
"anaconda upload --all /data/apps/conda/conda-bld/osx-64/python-hglib-2.6.1-py37_0.tar.bz2\n",
"```\n",
"\n",
"### References\n",
"\n",
"* [pip dependencies in conda recipe #548](https://github.com/conda/conda-build/issues/548)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Testing"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"By including a section like the following, you can run tests when you issue the `conda build` command. Some important notes though:\n",
"\n",
"* Conda now moves the working directory, so you need to specifically include the files you will test with the `source_files:` section.\n",
"* If you build from your source directory, be sure to clean out `__pycache__` directories (see Gotchas below).\n",
"\n",
"```yaml\n",
"test:\n",
" source_files:\n",
" - persist\n",
" imports:\n",
" - persist\n",
" requires:\n",
" - coverage\n",
" - h5py\n",
" - pytest >=2.8.1\n",
" - pytest-cov >=2.2.0\n",
" - pytest-flake8\n",
" - scipy\n",
" commands:\n",
" - py.test\n",
"```\n",
"\n",
"This will do several things:\n",
"\n",
"1. It will test that `import perists` works.\n",
"2. It will create a test environment with the specified requirements.\n",
"3. It will run `py.test`.\n",
"\n",
"If you do this locally (i.e. `src: .`) then be sure to remove all `__pycache__`, `*.pyc`, and `*.pyo` files:\n",
"\n",
"```bash\n",
"find . -name \"__pycache__\" -exec rm -rf {} \\;\n",
"find . -name \"*.pyc\" -delete\n",
"find . -name \"*.pyo\" -delete\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Gotchas"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"* Make sure you have the appropriate channels in your `~/.condarc` file. (There is currently [no way to specify channels for `conda build`](https://github.com/conda/conda-build/issues/532).)\n",
"\n",
" ```ini\n",
" channels:\n",
" - defaults\n",
" - conda-forge\n",
" - mforbes\n",
" - file://data/apps/conda/conda-bld\n",
" ```\n",
"\n",
"* The last entry is because sometimes things are not immediately available on my `mforbes` channel, even though I upload something to `anaconda.org`. This is where they are built by default. This local channel can be made available by running:\n",
"\n",
" ```bash\n",
" conda index /data/apps/conda/conda-bld\n",
" ```\n",
"\n",
"* Don't run `conda build` from a conda environment. Make sure you are in the base environment.\n",
"* If you do this locally (i.e. `src: .`) then be sure to remove all `__pycache__`, `*.pyc`, and `*.pyo` files:\n",
"\n",
" ```bash\n",
" find . -name \"__pycache__\" -exec rm -rf {} \\;\n",
" find . -name \"*.pyc\" -delete\n",
" find . -name \"*.pyo\" -delete\n",
" ```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## References\n",
"\n",
"* [Building Conda Packages]\n",
"* [Anaconda Cloud: Building Packages]\n",
"* [Anaconda Cloud: Working with Environments]\n",
"\n",
"[Building Conda Packages]: https://conda.io/docs/user-guide/tasks/build-packages/index.html\n",
"[Anaconda Cloud: Building Packages]: http://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/howto/#build-packages\n",
"[Anaconda Cloud: Working with Environments]: http://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/tasks/work-with-environments/"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Current Working Environments"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"I keep track of my working environments through a set of [`environment.*.yml`](https://conda.io/docs/user-guide/tasks/manage-environments.html#create-env-file-manually) files which I host here:\n",
"\n",
"* https://bitbucket.org/mforbes/configurations/src/trunk/anaconda/"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## Complete Install (21 July 2018)"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"Here is an example of a complete install on Mac OS X."
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": null,
"metadata": {},
"outputs": [],
"source": []
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": null,
"metadata": {},
"outputs": [],
"source": [
"%%file environment.base.yml\n",
"channe"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"```bash\n",
"conda create -n work python=2\n",
"conda install -n work pandoc anaconda argcomplete beautiful-soup colorcet dill distribute mercurial pep8\\\n",
" pyaudio pycrypto pympler pytest-runner sphinx_rtd_theme ujson cvxopt futures-compat\\\n",
" lancet mkl-service pycurl bottleneck uncertainties mklfft mock scikit-learn twine weave\\\n",
" snakeviz sympy pillow xarray pytest-cov pylint plotly vispy urllib3 numpydoc pytest-flake8\\\n",
" line_profiler pygraphviz seaborn ipyparallel nbsphinx nbtutor paramnb nbdime jupyter\\\n",
" jupyter_contrib_nbextensions\n",
"```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# References"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"* [Python Packaging User Guide](https://python-packaging-user-guide.readthedocs.org/en/latest/index.html): This is the authoritative guide about packaging with \"Last Reviewed\" dates so you can be sure you are getting the latest information.\n",
"* https://caremad.io/2013/07/setup-vs-requirement/\n",
"* http://www.dabapps.com/blog/introduction-to-pip-and-virtualenv-python/\n",
"* http://tech.marksblogg.com/better-python-package-management.html: A nice discussion of pip usage.\n",
"* https://www.colorado.edu/earthlab/2019/01/03/publishing-your-python-code-pip-and-conda-tips-and-best-practices: Some recent best practice notes."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"# Old Notes Etc."
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"## TL:DR\n",
"\n",
"* Install [miniconda](http://conda.pydata.org/miniconda.html#miniconda) with perhaps a few tools like mercurial, but use `conda create -n ` to create working environments to help maintain isolation for everything else.\n",
"* Create the environments from an [`environment.yml` file](https://conda.io/docs/user-guide/tasks/manage-environments.html#create-env-file-manually) for reproducibility.\n",
" * Make sure that `pip` is configured to **not** install packages in the user directory so that they instead go to the conda environments:\n",
"\n",
" ```bash\n",
" pip config set install.user false\n",
" ```"
]
},
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
"This setup requires activating the appropriate conda environment before working. There are three options for making commands available to all environments:\n",
"\n",
"* Added the base miniconda `bin/` at the end of your path in a special way so that special way so that you can fall back to these base commands. I do this for mercurial which I install in my base environment.\n",
"* Explicitly use `pip install --user` which will put files in `~/.locals/bin` and `~/.locals/lib` so that any current python environment can access them. I do this with Nikola for blogging.\n",
"* Create symlinks to conda-installed executables in `~/.locals/bin` or aliases to the appropriate environment. I use this, for example, with Jupyter."
]
},
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"execution_count": null,
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}
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"metadata": {
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"file_extension": ".py",
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"nbconvert_exporter": "python",
"pygments_lexer": "ipython3",
"version": "3.8.5"
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"title": "Conda Pip and All That",
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